A biológiai adatbázisok olyan könyvtárak, amelyek a tudományos kísérletek során összegyűjtött élettudományokkal kapcsolatos információkat felsorolják a publikált szakirodalomban, a kísérleti technológiák szélessávú és számítógépes elemzésében. Különféle kutatási területekről tartalmaznak információkat, például genomikáról , proteomikáról , metabolomikáról , filogenetikáról és DNS-mikro-sugarakról . Az adatbázisok tartalma között információt találunk a gének működéséről, szerkezetéről, lokalizációjáról ( sejtes és kromoszomális )valamint mutációik klinikai hatásait , valamint szekvenciájukban és felépítésükben mutatkozó hasonlóságaikat.
Ezek az adatbázisok a tudósok számára fontos eszközök, mivel lehetővé teszik számukra a biológiai jelenségek megértését és magyarázatát, kezdve a biomolekulák szerkezetétől és kölcsönhatásaitól a szervezetek teljes anyagcseréjéig, sőt a fajok fejlődéséig is . Ez az ismeret megkönnyíti a patológiák kezelését, lehetővé teszi új gyógyszerek létrehozását és lehetővé teszi a fajok közötti kapcsolatok felfedezését az egész élet folyamán.
A biológia ismerete mindenféle speciális vagy általános adatbázis tárgya. Ennek eredményeként néha nehéz biztosítani az információk konzisztenciáját. Az Integratív Bioinformatika célja ennek a problémának a megoldása egységes hozzáférés biztosításával. A fogalom a hozzáférési számot a bioinformatikai lehetővé teszi, hogy összekapcsolják a tartalmát a különböző adatbázisok egymáshoz.
A relációs adatbázis (a számítástechnikából származó ) és az információ-visszakeresés (az elektronikus könyvtárakon ) fogalma fontos a biológiai adatbázisok megértéséhez. Tervezésük, fejlesztésük és hosszú távú karbantartásuk a bioinformatika kulcsfontosságú területe . Gyakran félig strukturált adatként írják le , és táblázatok , XML struktúrák stb.
A Nucleic Acids Research (NAR) folyóirat évente kiad egy külön kiadást, a The Database Issue of NAR néven , amely szabadon elérhető. A nyilvánosság számára elérhető, a biológiával és a bioinformatikával kapcsolatos online adatbázisok nagy részét kategorizálja . Ezt a kiadást kíséri az Online Molecular Biology Database Collection , amely 1380 adatbázist tartalmaz. Vannak más adatbázis-gyűjtemények is, például a MetaBase vagy a Bioinformatikai linkek gyűjteménye .
A legtöbb biológiai adatbázis elérhető azokon a webhelyeken, ahol a felhasználók információkat böngészhetnek. Általánosságban az adatok különféle formátumokban is letölthetők: szöveg, szekvenálási adatok, fehérjeszerkezetek vagy linkek. Például :
Egyes fajok, különösen azok esetében, amelyeket gyakran használnak kutatásra, speciális adatbázisokkal rendelkeznek. A colibase- t például az E. coli-nak szentelik . Megtaláljuk a FlyBase-t a Drosophilához , a WormBase- t a C. elegans fonálférgekhez és a C. briggsae- t , az EuPathDB-t az eukarióta kórokozókhoz .