Eukaryota (filogenetikai osztályozás)

E oldal célja, hogy bemutassa a filogenetikai fa a eukarióta ( eukariőtákban , Eucarya , eukarióták), vagyis egy cladogram kiemelve a rokonság között fennálló kapcsolatok a különböző csoportok (vagy egységek), mint például a legutóbbi elemzései elismert tanulmányok javasolja őket. Ez csak a kutatók munkájából fakadó különböző hipotézisek filogenitásának lehetősége , és a főbb vitákat, amelyek a tudományos közösségben maradnak, az alábbiakban, az irodalomjegyzék előtt röviden bemutatjuk.

Filogenetikai fa

Az itt bemutatott kladogram célja, hogy összhangban legyen a legfrissebb publikált és hozzáférhető elemzésekkel. Ez nem feltétlenül konszenzusos, és mindig hivatkozhatunk a cikk alján feltüntetett irodalomjegyzékre.

A ▲ szimbólum az élőlények filogenetikai fájának közvetlenül felső részére utal. A ► jel az adott csoport filogenetikai osztályozására utal. A fa bármely ága, amely kettőnél több ágat hordoz , az érintett csoport belső filogenitásának meghatározatlanságát mutatja .

A botanikusok és zoológusok tipográfiai szokásai eltérnek. Itt, az olvasás megkönnyítése érdekében, és néhány jelenlegi csoport, amelyek a két hagyományos terület alá tartoznak, a nemzetségnél magasabb taxonok neve mind egyenes betűkkel, a nemzetségek vagy fajok neve dőlt betűvel szerepel.

Egy taxont követve megjelenési periódusát, ha ismert, a következő jelmagyarázat jelezheti: ( Plé ): pleisztocén  ; ( Pli ): Pliocén  ; ( MiB ): miocén  ; ( Oli ): oligocén  ; ( Eoc ): eocén  ; ( Pal ): paleocén  ; ( Cre ): kréta  ; ( Jur ): jura  ; ( Tri ): triász  ; ( Per ): Permi  ; ( Autó ): Szenes  ; ( Dev ): devon  ; ( Sil ): szilur  ; ( Ord ): Ordovician  ; ( Camb ): kambriumi  ; ( Edi ): Ediacaran . A nagyobb pontosság érdekében, ha lehetséges, ( - ): alacsonyabb; ( ~ ): közepes; ( + ): felsőbbrendű.

Adl és mtsai. 2005, Nozaki és mtsai. 2009, Cavalier-Smith 2010, nagyon leegyszerűsítve az Apuzoaires sl .

Tudományos vita Eukaryota filogenetikájáról

A kladisztika és a molekuláris filogenikák fejlődését követően a bakteriális (vagy prokarióta ) organizmusoktól eltérő szervezetek osztályozását teljesen felülvizsgálták. Az evolúciótörténet során különféle szervezetek, például növények, algák, gombák, állatok és protozoonok által egymástól függetlenül megszerzett hasonlóságokon alapuló megkülönböztetés főként leíró értékkel bírna, de a filogenetikai osztályozás szempontjából nincs értelme. Átcsoportosítása is, hogy sem a zöld növény, sem gomba, sem állat belül egysejtűek már nem lenne szükség.

Nagyon sok phylát, olykor monospecifikusat, monofiletikusnak ismertek el. Csoportosításuk kevésbé konszenzusos: a gyökér helyzete, a mitokondrium nélküli organizmusok helyzete, a kloroplasztok endoszimbiózisainak száma és az azt követő filogenitás  stb. . Így az "Archeplastidák", amelyek magukban foglalják a glaukofitákat, a vörös algákat és a Viridiplantae-t (zöld algák és szárazföldi növények), talán bitorolják a nevüket, amely azon a feltételezésen alapul, hogy ennek a nemzetségnek a tagjai, akiknek két membránnal körülvett plasztidái vannak, utódai egy egyetlen közös őse , amely beépített Endoszimbiotikus cianobaktériumok . Ebben az esetben a csoport parafiletikus lenne ( vö. Nozaki et al. 2003 és Yoon et al. 2008). Ami a Chromalveoli, valószínűleg tartalmaznak ezeken belül a Rhizaries, elszakadt a kotrást, amely visszatér az alap a Bicontes, bár a hiánya a mitokondriumok, bizonyos vonalak kotrást ( diplomonads és parabasalids ), ma tartják másodlagos. Ezt elemzi Burki és mtsai. 2007, amelyet itt nagyjából követünk a Stramenopiles, az Alveoli és a Rhizaria csoportosításához. Ne feledje, hogy Burki és mtsai. 2008 make Hacrobia a testvére csoport a Archeplastids, így választva el őket a „SAR-csoport”, és teszi elavult fogalmának Chromalveolates amely egyesíti a fotoszintetikus eukarióták klorofill tartalmú c, valamint azok közeli hozzátartozói nem pigmentált.

Az Apusozoa , amely közel áll az Unicontes és Bicontes közötti elválasztáshoz, a fentiek szerint többnyire vitathatatlanul közelebb áll az Opisthocontes-hoz. Az egész csoport polifiletikus. A Breviatea tartják amőbák kapcsolatos Amibozoaires azok testvér-csoport. A Diphyllatea vagy Collodictyonidae , ami egy ősi közbenső közötti vonal Amibozoa és a kotrást, van egy bizonytalan helyzetben az alapja az eukarióta fa.

T. Cavalier-Smith legfrissebb elemzései az eukarióta fa gyökerét az Euglenae-n belül vagy közöttük és a többi eukarióta között helyezik el, az Uniconts elválasztása később történik.

Osztályozás Cavalier-Smith 1998 szerint

Ez a besorolás nem szigorúan filogenetikus a kladisztika hennigiai értelmében . Az új filogenikák alapján a kényelem érdekében mindazonáltal fenntartja a parafiletikus taxonokat, különösen az evolúciós vonalak tövében. Fenntartja a hagyományos nómenklatúrát is (királyságok, phyla, osztályok  stb. ).

Csak a Protozoa sensu Cavalier-Smith fejlődött 13 phyla vagy phyla alatt . A többi királyság a megfelelő oldalakon található.

Osztályozás Cavalier-Smith 1998 szerint └─o empire ou super-règne des Eukaryota ├─o règne des Protozoa (paraphylétique) │ ├─o sous-règne des Archezoa (paraphylétique) │ │ ├─o embranchement des Metamonada │ │ │ ├─o sous-embranchement des Eopharyngia │ │ │ └─o sous-embranchement des Axostylaria │ │ └─o embranchement des Trichozoa │ │ ├─o sous-embranchement des Anaeromonada │ │ └─o sous-embranchement des Parabasala │ └─o sous-règne des Neozoa (paraphylétique) │ ├─o infra-règne des Sarcomastigota (paraphylétique) │ │ ├─o embranchement des Neomonada (peut-être paraphylétique) │ │ │ ├─o sous-embranchement des Apusozoa │ │ │ ├─o sous-embranchement des Isomita │ │ │ └─o sous-embranchement des Choanozoa (peut-être paraphylétique) │ │ ├─o embranchement des Cercozoa │ │ │ ├─o sous-embranchement des Phytomyxa │ │ │ ├─o sous-embranchement des Reticulofilosa │ │ │ └─o sous-embranchement des Monadofilosa │ │ ├─o embranchement des Foraminifera │ │ └─o embranchement des Amoebozoa │ │ ├─o sous-embranchement des Lobosa │ │ └─o sous-embranchement des Conosa │ │ ├─o infra-embranchement des Archamoebae │ │ └─o infra-embranchement des Mycetozoa │ │ ├─o super-classe des Eumyxa (peut-être paraphylétique) │ │ └─o super-classe des Dictyostelia │ ├─o infra-règne des Discicristata │ │ ├─o embranchement des Percolozoa │ │ │ ├─o sous-embranchement des Tetramitia │ │ │ └─o sous-embranchement des Pseudociliata │ │ └─o embranchement des Euglenozoa │ │ ├─o sous-embranchement des Plicostoma │ │ │ ├─o super-classe des Diplonemia │ │ │ └─o super-classe des Euglenoida │ │ └─o sous-embranchement des Saccostoma │ │ ├─o classe des Kinetoplastea │ │ └─o classe des Postgaardea │ ├─o infra-règne des Alveolata │ │ ├─o super-embranchement des Miozoa │ │ │ ├─o embranchement des Dinozoa │ │ │ │ ├─o sous-embranchement des Protalveolata (peut-être paraphylétique) │ │ │ │ └─o sous-embranchement des Dinoflagellata │ │ │ └─o embranchement des Sporozoa │ │ │ ├─o sous-embranchement des Gregarinae │ │ │ ├─o sous-embranchement des Coccidiomorpha │ │ │ │ ├─o super-classe des Coccidia │ │ │ │ ├─o super-classe des Ascetospora │ │ │ │ └─o super-classe des Hematozoa │ │ │ └─o sous-embranchement des Manubrispora │ │ │ └─o classe des Metchnikovellea │ │ └─o super-embranchement des Heterokaryota │ │ └─o embranchement des Ciliophora │ │ ├─o sous-embranchement des Tubulicorticata │ │ ├─o sous-embranchement des Epiplasmata │ │ └─o sous-embranchement des Filocorticata │ └─o infra-règne des Actinopoda (peut-être paraphylétique) │ ├─o embranchement des Heliozoa │ └─o embranchement des Radiozoa │ ├─o sous-embranchement des Spasmaria │ └─o sous-embranchement des Radiolaria ├─o règne des Animalia ► ├─o règne des Fungi ► ├─o règne des Plantae ► └─o règne des Chromista ├─o sous-règne des Cryptista │ └─o embranchement des Cryptophyta └─o sous-règne des Chromobiota ├─o infra-règne des Heterokonta ► └─o infra-règne des Haptophyta └─o embranchement des Haptophyta  

Egyszerűsített filogenetikai fa Nozaki és munkatársai után . 2003

Az elemzés főként a plasztid organizmusokra, a Discicristákra , a Stramenopile-okra és az Alveolusokra összpontosított , amelyek egy nagy kládon belül találhatók, ami az Archeplastides-t parafiletikussá tette. A Rhodophytes lenne a Bicontes tövéhez legközelebb eső vonal (a mitokondrium nélküli organizmusok meghatározatlan helyétől függően ). Rhizaires helyét nem említik.

Egyszerűsített filogenetikai fa Nozaki és munkatársai után . 2003 ─o ├─o Amoebozoa └─o ├─o Opisthokonta │ ├─o Metazoa │ └─o Fungi └─o Plantae ├─o Rhodophyta └─o ├─o Glaucophyta └─o ├─o Viridiplantae └─o ├─o Discicristata │ ├─o Heterolobosea │ └─o │ ├─o Kinetoplastida │ └─o Euglenozoa └─o Chromalveolata ├─o Heterokontophyta └─o Alveolata ├─o Apicomplexa └─o Ciliophora  

Egyszerűsített filogenetikai fa Stechmann és mtsai után . 2003

Stechmann és Cavalier-Smith munkája az eukarióta fát két fő kládra osztotta , az unicontes és a bicontokra . A fa szerkezetében a Növények, Állatok és Gombák hagyományos királyságai , valamint a Cavalier-Smith által a Chromisták számára javasolt királyság terminális ágakként vannak bemutatva. Az összes fennmaradó ág együtt alkotja a Protozoa uralmát Cavalier-Smith értelmében.

Egyszerűsített filogenetikai fa Stechmann és mtsai után . 2003
Eukaryota
Bicontes

Apusozoa


Cabozoa

Excavata


Rhizaria

Retaria



Cercozoa






Uralkodik Plantae


Chromalveolata

Chromista uralkodó



Alveolata





Unicontes

Amoebozoa


Opisthokonta


Choanozoa



Animalia uralkodik





Gombák uralkodnak






 

Az osztályozást Adl et al. 2005

Követve számos munkát, nevezetesen Thomas Cavalier-Smith és Sandra L. Baldauf , átrendező osztályozása eukarióta egysejtű szervezetek révén filogenetikai, ez a nemzetközi bizottság protistologists megpróbálták stabilizálni az új besorolás helyett, hogy az ősi egysejtűek és figyelembe véve utóbbi molekuláris filogenikák. Az eukarióták hat csoportba sorolhatók, amelyek monofiletikusnak számítanak: Amibozoa, Opisthocontes, Rhizaries, Archeplastids, Chromalveoli és Excavates.

Amoebozoa legmegfelelőbb amőbák és nyálkás penészgombák
Opisthokonta állatok , gombák , choanoflagellates ,  stb
Rhizaria foraminifera , radioláriusok és különféle egyéb amoeboid protozoonok
Archaeplastida (vagy Primoplantae) szárazföldi növények , zöld algák , vörös algák és glaukofiták
Chromalveolata stramenopiles (vagy heteroconts ), haptophytes , cryptophytes (vagy cryptomonads) és alveolusok
Excavata különféle lobogó protozoonák
Az osztályozást Adl et al. 2005 ─o ├─o Amoebozoa ► ├─o Opisthokonta ► ├─o Rhizaria ► ├─o Archaeplastida ► ├─o Chromalveolata (peut-être paraphylétique) ► ├─o Excavata (peut-être paraphylétique) ► └─? divers groupes : incertae sedis ├─o Ancyromonas ├─o Apusomonadidae ├─o Centrohelida │ ├─o Acanthocystidae │ ├─o Heterophryidae │ └─o Raphidiophryidae ├─o Collodictyonidae ├─o Ebriacea ├─o Spironemidae ├─o Kathablepharidae └─o Stephanopogon  

Egyszerűsített filogenetikai fa Burki és mtsai után . 2007

A fa elsődleges felosztása egy trichotómia, amely kiemeli az Unicontes-okat, az ásatásokat és egy harmadik kládot, amely az összes többi eukariótát csoportosítja. A Rhizaria , elkülönül a Excavata , itt találhatók az azonos csoportba a Chromalveolata , mint egy testvér csoportja az egyetlen Stramenopiles .

Egyszerűsített filogenetikai fa Burki és mtsai után . 2007 ─o ├─o Unikonta │ ├─o Amoebozoa │ │ ├─o Lobosea │ │ └─o Conosea │ └─o Opisthokonta │ ├─o Fungi │ └─o Metazoa ├─o Excavata │ ├─o Malawimonadidae │ └─o │ ├─o Jacobida │ └─o Discicristata └─o ├─o Plantae │ ├─o Rhodophyta │ └─o │ ├─o Glaucophyta │ └─o Viridiplantae └─o ├─o │ ├─o Cryptophyta │ └─o Haptophyta └─o ├─o Alveolata │ ├─o Ciliophora │ └─o │ ├─o Dinoflagellata │ └─o Apicomplexa └─o ├─o Stramenopiles │ ├─o Opalinata │ └─o │ ├─o Oomycetes │ └─o Heterokontophyta └─o Rhizaria ├─o Cercozoa └─o Foraminifera  

Egyszerűsített filogenetikai fa Yoon et al. 2008

Yoon és munkatársai elemzése . 2008 nem erősíti meg az unicontes és a bicontes filogenetikai elválasztásának valóságát, sőt megkérdőjelezi az Excavates, Plantae (Archeplastides értelemben vett), Chromalveoli és Rhizaria (kivéve a Cercozoa alkotta mag) monofóliájának érvényességét.

Egyszerűsített filogenetikai fa Yoon et al. 2008 -o ├─o Opisthokonta └─o ├─o Ancyromonas └─o ├─o │ ├─o Fornicata │ └─o Parabasalidae et Oxymonadida └─o ├─o Amoebozoa └─o ├─o Rhodophyta └─o ├─o Glaucophyta └─o ├─o │ ├─o Cryptophyta │ └─o Viridiplantae └─o ├─o │ ├─o Malawimonadidae │ └─o │ ├─o Jakobidae │ └─o Discicristata │ ├─o Euglenozoa │ └─o Heterolobosea └─o ├─o Haptophyta └─o ├─o Cercozoa │ ├─o Thaumatomonadida │ └─o Cercomonadida └─o ├─o Stramenopiles └─o Alveolata ├─o Ciliata └─o ├─o Apicomplexa └─o Dinoflagellata  

Kim és munkatársai szerint egyszerűsített filogenetikai fa . 2008

Egy másik elemzés szerint a Hacrobia-kat beágyazva mutatják be az Archeplastidákon belül, amelyek együttesen alkotnak egy kládot az ásatások nagy részével, a Stramenopiles, az Alveolus és a Rhizaria társuló „SAR csoporttal” való találkozás előtt. Ezek a csoportok együtt alkotják a bicontokat , az Amibozoa-t és az Opisthocontes-t, amelyek az unicontes-t alkotják .

Kim és munkatársai szerint egyszerűsített filogenetikai fa . 2008

Eukarióták

bicontes

Archaeplastida + Hacrobia + Excavata (kivéve Preaxostyla )





Preaxostyla




SAR = Stramenopiles + Alveolata + Rhizaria








unicontes

Amoebozoa



Opisthokonta






 

Egyszerűsített filogenetikai fa Burki és mtsai után . 2008

Burki és mtsai. 2008 elhatárolja a Hacrobiát az összes Chromalveolustól, beleértve a Rhizaria- t is, miközben szoros kapcsolatot mutat az Archeplastidákkal.

Egyszerűsített filogenetikai fa Burki és mtsai után . 2008

Eukarióták




SAR = Stramenopiles + Alveolata + Rhizaria






Archaeplastida



Hacrobia = Haptophyta + Cryptophyta









Amoebozoa



Opisthokonta





Excavata




 

Egyszerűsített filogenetikai fa Rogozin és mtsai után . 2009

Más elemzések a „SAR csoportot” a Chromalveolates sl-en belül helyezik el , még akkor is, ha különböznek az öt eredményezett csoport elhelyezkedésétől: az Archeplastidáktól, az ásatásoktól, a Chromalveolátoktól, az Amibozoa és az Opisthocontoktól. Rogozin és mtsai. 2009 hozza létre az alábbi fát, ahol az elsődleges osztódás az Archeplastidák és az összes többi eukarióta között helyezkedik el.

Egyszerűsített filogenetikai fa Rogozin és mtsai után . 2009

Eukarióták

Archaeplastida





? Excavata (bizonytalan helyzet)





Chromalveolata s.l. (Rhizaria-t is beleértve)



unicontes

Amoebozoa



Opisthokonta










 

Egyszerűsített filogenetikai fa Nozaki és mtsai után . 2009

A legfrissebb kutatások egy része, különös tekintettel a lassan fejlődő gének elemzésére, határozottan az Archaeplastida ( Hervé Le Guyader és Guillaume Lecointre szerint a zöld vonal) polifiletikus jellegére utal . Nozaki et al. (2003, 2009) és Yoon et al. (2008) azt sugallják, hogy az Archaeplastida látszólagos monofóliája a hosszú ágak vonzódási műtermékének köszönhető .

A Bikonta (amelyet Nozaki "Szuper" Növényi Királyságnak nevez) monofiletikus jellege szintén a TS és a DHFR gének fúzióján alapul , amelyek az Unikontában külön maradtak . Az Unicontes monofóliáját a pirimidinszintézis útjában részt vevő 3 gén ( CPS / DHO / ATC ) fúziója is alátámasztja . Ezek a gének külön maradtak a prokariótákban és a Bicontes-ban, így ez a ritka és visszafordíthatatlan esemény apomorfiumsá vált . Másrészt úgy tűnik, hogy a Bicontes biflagellás jellege plesiomorf .

A Bicontes plasztidja egy cianobaktérium egyetlen primer endoszimbiózisából származna (a glaukofiták alaphelyzetét támasztja alá egy bakteriális peptidoglikán perzisztenciája is a plasztid két membránja között). Ez utóbbit másodlagosan elveszítette volna az ásatások, és a Chromalveolusokat egy vörös alga (4 membránnal rendelkező plasztid) másodlagos endoszimbiózisából származó plasztiddal helyettesítették volna. Végül a Chromalveoli sl több taxonja másodlagosan elvesztette a plasztidját (többek között az Oomycota , Ciliata , Foraminifera , amelyek a Stramenopiles , az Alveoli és a Rhizaria közé sorolhatók).

Egyszerűsített filogenetikai fa Nozaki és mtsai után . 2009
Eukaryota
Unikonta
Opisthokonta

Gombák




Metazoa



Choanoflagellata





Amoebozoa



Bikonta


Excavata



Rhodophyta





Glaucophyta




Chlorobionta


Chromalveolata s.l.
SAR

Rhizaria




Stramenopiles



Alveolata




Hacrobia

Haptophyta



Cryptophyta








 

Osztályozás a Cavalier-Smith 2010 szerint

Mint korábban, hogy tartalmaz besorolási szintek (amit még nem reprodukálható itt), és parafiletikus csoportok a taxon alján evolúciós fák: protozoonok , Eozoa , Sarcomastigota  ; az Excavata- kládok most már a listán vannak kifejlesztve, mivel itt az Eukaryota gyökere az Euglenozoa és a többi taxon között helyezkedik el , egyrészt a Chromista és a Plantae , másrészt az Unikonta közötti elválasztás később található az Excavata evolúciójában . A bikont ezért parafiletikusnak is tekintik .

Filogenetikai fa Cavalier-Smith 2010 után  

Osztályozást javasolt Walker és mtsai. 2011

Walker és mtsai. 2011 javasolja a sejtbiológusoknak és parazitológusoknak szánt eukarióták szisztematikus osztályozását, amely tartalmazza a „SAR-kládot” és a „CCTH-kládot”.

Osztályozást javasolt Walker és mtsai. 2011  

Egyszerűsített filogenetikai fa Zhao és munkatársai után . 2012

Korábban javasolták az eukarióták felosztását két fő kládra, az unicontokra és a bicontokra, amelyek egy ős uniflagellátum organizmusból és egy ős biflagellate szervezetből származnak.

Zhao és mtsai. 2012 egy némileg hasonló felosztású tanulmányt készített, miközben megjegyezte, hogy az "unicontes" és a "bicontes" kifejezéseket nem az eredeti értelemben használták. A Hacrobia asszimilálódik a „CCTH csoportba” (a Cryptophyta, Centrohelida, Telonemia és Haptophyta rövidítése).

Egyszerűsített filogenetikai fa Zhao és munkatársai után . 2012
Eukarióták
"bicontes"

Excavata




Archaeplastida




Hacrobia (nem monofiletikus)



SAR = Stramenopiles + Alveolata + Rhizaria





"unicontes"

Opisthokonta



Amoebozoa




 

Egyszerűsített filogenetikai fa Burki és mtsai után . 2012

A filogenetikai vizsgálatok eredményei gyakran függenek a taxonok kiválasztásától és az elemzett génekről rendelkezésre álló adatok halmazától . Így Burki et al. (utalva a „CCTH csoportra”) és Okamoto et al. (a Hacrobies új taxonjának létrehozása) megerősíti a Hacrobia nevű monofiletikus taxon létezését (amelynek diagnózisát Cavalier-Smith veszi fel, amely magában foglalja a Centrohéliozoaires, Cryptophytes és Haptophytes alkalmazást). De más vizsgálatok arra a következtetésre jutottak, hogy a Haptophyta és Cryptophyta kládok nem alkotnak monofiletikus csoportot.

Burki et al. Röviddel Zhao és mtsai után közzétették a 2012-et 258 génen . 2012. A két tanulmány, amelyben Burki részt vesz, eltérő eredményeket hoz: nehéz meghatározni, hogy a Hacrobia csoport monofiletikus-e vagy sem. A haptofiták és a kriptofiták rokonsága ezért továbbra is bizonytalan. Az első testvércsoportot alkot a SAR csoporthoz , a második az Archaeplastida-val (tág értelemben vett „növényekkel”) tagolódik .

Egyszerűsített filogenetikai fa Burki és mtsai után . 2012
Eukarióták





SAR = Stramenopiles + Alveolata + Rhizaria



Telonémia





Haptophyta






Centrohelida







Plantae



Picobiliphyta





Cryptophyta



Katablepharida






Excavata


Unicontes

Amoebozoa



Opisthokonta




 

Az osztályozást Adl et al. 2012

A nemzetközi bizottság protistologists módosítja a korábbi besorolás érvényesítésével a SAR-csoport alatt taxonómiai írás „Sar”, és két új magasabb szintű szerelvények taxonok: Amorphea (a görög a „nem” és a morph „forma”) és Diaphoretickes ( a görög diaphoretikésből "különféle").

Egyes protistológusok népszerűsítik a Nemzetközi Protisztológusok Társasága által a bizottság által felülvizsgált osztályozást , miközben Burki et al. .

Az osztályozást Adl et al. 2012  

Egyszerűsített filogenetikai fa a Boudouresque 2015 után

A Boudouresque 2015 egy filogenetikai fát javasol Baldauf munkája alapján, és elismeri az eukarióták unicontokra és bicontokra való felosztását Zhao és mtsai. . A magasabb taxonok monofiletikus csoportokba vannak csoportosítva, amelyek királyságokat alkotnak: az Amoebobionts és az Opisthocontes királyságok az Unicontes-on belül, valamint a Cryptobionts, Archeplastids, Rhizarians, Alveoles, Stramenopiles, Haptobionts, Excavicrists és a Bicontes királyságai.

Egyszerűsített filogenetikai fa a Boudouresque 2015 után  

Az osztályozást Adl et al. 2019

A Protisztológusok Nemzetközi Bizottsága felülvizsgálja az eukarióták korábbi osztályozását, különös tekintettel a protisztákra.

Eukariótákban formában két domén úgynevezett Amorphea és Diaphoretickes , számos további clade, amelyek nem sorolhatók egy harmadik domént.

A CRuM- klád , Brown és mtsai. 2018 és a Collodictyonidae , a Rigifilida és a Mantamonas alkotja az Amorphea testvércsoportját.

Utalva a csoport által kialakított Discoba , Metamonada és Malawimonada , az informális csoport „ kotrást ” tartják bizonytalan filogenetikai helyzetének ( uncertae SEDIS ) belül eukariótákban.

Az osztályozást Adl et al. 2019  

Egyszerűsített filogenetikai fa Burki és mtsai után . 2020

A filogenomikus elemzésen alapuló új tanulmányok lehetővé teszik az eukarióták filogén fájának felbontásában az előrehaladást.

A Sar csoport testvércsoportjaként elhelyezett Telonemia ág a TSAR becenevű csoportba tartozik (a Telonemia, Stramenopila, Alveolata és Rhizaria rövidítése).

Az " ásatásokhoz " asszimilált vonalakat három független ágra (Discoba, Metamonada és Malawimonadida) osztják szét.

A Hemimastigophora vonal nem mutat rokonsági kapcsolatot más eukarióta ágakkal.

Egyszerűsített filogenetikai fa Burki és mtsai után . 2020  

Megjegyzések és hivatkozások

  1. (in) Michael A. Ruggiero Dennis P. Gordon , Thomas M. Orrell , Nicolas Bailly Thierry Bourgoin , Richard C. Brusca , Thomas Cavalier-Smith , Michael D. Guiry és Paul M. Kirk , "  magasabb szintű besorolása Összes Élő szervezetek  ” , PLoS ONE , vol.  10, n o  4,2015. április 29, e0119248 ( ISSN  1932-6203 , DOI  10.1371 / journal.pone.0119248 , online olvasás )
  2. (in) Lynn Margulis és Michael J. Chapman , Kingdoms & domének: illusztrált útmutató a törzsek a földi élet , Boston, Academic Press ,2009, xxii + 731  o. ( ISBN  978-0-12-373621-5 )
  3. Guillaume Lecointre és Hervé Le Guyader , az élőlények filogenetikai osztályozása , Párizs, Belin ,2006, 3 e  . ( 1 st  ed. 2001), 559  p. , 1 köt. + 1 füzet a filogenetikai besorolású fákról ( ISBN  2-7011-4273-3 )
  4. Richard Dawkins ( ford.  Marie-France Desjeux), "Rendez-vous 37: Zone de brume" , in Once Upon a Time Our Ancestors: A History of Evolution ["  Az ősök meséje  "], Párizs, Robert Laffont ,2007, 798  p. ( ISBN  978-2-221-10505-4 ) , p.  625-630
  5. Marc-André Selosse , „  Animal ou Végétal? : Elavult megkülönböztetés  ”, Pour la Science , n o  350,2006. december, P.  66–72 ( ISSN  0153-4092 , online olvasás [PDF] )
  6. Marc-André Selosse : „Mi lett az állatokkal, növényekkel és gombákkal ? » , Daniel Prat, Aline Raynal-Roques és Albert Roguenant (szerk.): Osztályozhatjuk- e az élőket? : Linné és a szisztematika ma , Párizs, Belin ,2008, 437  p. ( ISBN  978-2-7011-4716-1 , online olvasás ) , p.  225-233
  7. Marc-André Selosse : „  Vannak- e még növények?  " Dosszié Pour la Science , n o  77" különleges növények: A korlátlan inventivitás növények",2012. október-december, P.  8–13 ( ISSN  1246-7685 , online olvasás [PDF] )
  8. Philippe Silar , eukarióta protiszták : Eukarióta mikrobák eredete, evolúciója és biológiája , Lyon, HAL ,2016. január, 472  p. ( ISBN  978-2-9555841-0-1 , online előadás , online olvasás [PDF] )
  9. (en) Sandra L. Baldauf , „  Az eukarióták mély gyökerei  ” , Science , vol.  300, n o  5626,2003. június 13, P.  1703-1706 ( ISSN  0036-8075 , DOI  10.1126 / science.1085544 , absztrakt )
  10. (in) Alastair GB Simpson és Andrew J. Roger , "  Az eukarióták valódi" királyságai  " , Current Biology , Vol.  14, n o  17,2004. szeptember 7, R693-R696 ( ISSN  0960-9822 , DOI  10.1016 / j.cub.2004.08.038 , olvasható online )
  11. (en) Patrick J. Keeling , „  A plasztidák és gazdanövényeik sokfélesége és evolúciós története  ” , American Journal of Botany , vol.  91, n o  10,1 st október 2004, P.  1481-1493 ( ISSN  0002-9122 , DOI  10,3732 / ajb.91.10.1481 , olvasható online )
  12. (in) Patrick J. Keeling , Gertraud Burger , G. Dion Durnford , B. Franz Lang , Robert W Lee , Ronald E. Pearlman , Andrew J. Roger és Michael W. Gray , "  Az eukarióták fája  " , Trendek Ecology & Evolution , vol.  20, n o  12,2005. december, P.  670-676 ( ISSN  0169-5347 , DOI  10.1016 / j.t.200.200.09.005 , összefoglaló , online olvasható [PDF] )
  13. (en) Johanna Fehling , Diane Stoecker és Sandra L. Baldauf , „6. fejezet: Fotoszintézis és az élet eukarióta fája” , Paul G. Falkowski és Andrew H. Knoll (szerk.), Az őstermelők evolúciója a tengeren , Boston, Elsevier Academic Press ,2007, xiii + 441  o. ( ISBN  978-0-12-370518-1 ) , p.  75-107
  14. (en) Sandra L. Baldauf , „  Az eukarióták filogenitásának és sokféleségének áttekintése  ” , Journal of Systematics and Evolution , vol.  46, n o  3,2008. május 18, P.  263-273 ( ISSN  0529-1526 , DOI  10.3724 / SP.J.1002.2008.08060 , összefoglaló , online olvasható [PDF] )
  15. (in) Andrew J. Roger és Alastair GB Simpson , "  Evolution: Revisiting the Root of the Tree Eukaryote  " , Current Biology , Vol.  19, n o  4,2009. február 24, R165-R167 ( ISSN  0960-9822 , DOI  10.1016 / j.cub.2008.12.032 , olvassa el online )
  16. (a) Eugene V. Koonin , "  A hihetetlen kiterjesztése Őse Eukaryotes  " , Cell , Vol.  140, N o  5,2010. március 5, P.  607-610 ( ISSN  0092-8674 , DOI  10.1016 / j.cell.2010.02.022 , olvasható online )
  17. (en) Giselle Walker , Richard G. Dorrell , Alexander Schlacht és Joel B. Dacks , „  Eukarióta szisztematika: felhasználói útmutató sejtbiológusoknak és parazitológusoknak  ” , Parasitology , vol.  138, n o  13,2011. november, P.  1638-1663 ( ISSN  0031-1820 , DOI  10.1017 / S0031182010001708 , online olvasás )
  18. (en) Giselle Walker, Richard G. Dorrell, Alexander Schlacht és Joel B. Dacks: „  Az eukarióták 2011-ben: A csoportok, meghatározó jellemzőik és irodalom  ” , a Cambridge Journals Online-on ,2011(elérhető : 2013. március 22. )
  20. (in) január Pawlowski , "  Az új mikro-királyságok eukarióták  " , BMC Biology , vol.  11, n o  40,2013. április 15( ISSN  1741-7007 , DOI  10.1186 / 1741-7007-11-40 , olvassa el online )
  21. (in) Alastair GB Simpson és Yana Eglit , "Protista diverzifikáció" , Richard M. Kliman (szerk.), Encyclopedia of evolutionary biology , vol.  3, Amszterdam , Elsevier ,2017. március 3( 1 st  ed. 2016), 504  p. ( ISBN  978-0-12-800426-5 , DOI  10.1016 / B978-0-12-800049-6.00247-X , absztrakt ) , p.  344–360
  22. (in) Alastair G B. Simpson , Claudio H. Slamovits és John M. Archibald , "Protist Diversity and Eukaryote Phylogeny" , John M. Archibald, Alastair GB Simpson, Claudio H. Slamovits, Lynn Margulis , Michael Melkonian, David J. Chapman és John O. Corliss (szerk.), A protiszták kézikönyve , Bázel , Cham , Springer International Publishing ,2017. március 29, 2 nd  ed. , 1630  p. ( ISBN  978-3-319-32669-6 , DOI  10.1007 / 978-3-319-32669-6_45-1 , absztrakt ) , p.  1-21
  23. (en) Sina M. Adl, David Bass, Christopher E. Lane, Julius Lukeš, Conrad L. Schoch, Alexey Smirnov, Sabine Agatha, Ceric Berney, Matthew W. Brown, Fabien Burki, Paco Cárdenas, Ivan Čepička , Ludmila Chistyakova, Javier del Campo, Micah Dunthorn, Bente Edvardsen, Yana Eglit, Laure Guillou, Vladimír Hampl, Aaron A. Heiss, Mona Hoppenrath, Timothy Y. James, Sergey Karpov, Eunsoo Kim, Martin Kolisko, Alexander Kudryavtsev, Daniel JG Lahr, Enrique Lara, Line Le Gall, Denis H. Lynn, David G. Mann, Ramon Massana i Molera, Edward AD Mitchell, Christine Morrow, Jong Soo Park, Jan W. Pawlowski, Martha J. Powell, Daniel J. Richter, Sonja Rueckert, Lora Shadwick, Satoshi Shimano, Frederick W. Spiegel Guifré Torruella i Cortes, Noha Youssef, Vaszilij Zlatogursky, Qianqian Zhang, „  Változatok a besorolást, nómenklatúra, és sokszínűségének eukarióta  ” , Journal of Microbiology eukarióta , vol.  66, n o  1,2019 január-február, P.  4-119 ( ISSN  1066-5234 , DOI  10.1111 / jeu.12691 , online olvasás )
  24. (en) Patrick J. Keeling és Fabien Burki , „  Haladás az eukarióták fája felé  ” , Current Biology , vol.  29, n o  16,2019. augusztus 19, R808-R817 ( ISSN  0960-9822 , DOI  10.1016 / j.cub.2019.07.031 , összefoglaló , online olvasható [PDF] )
  25. (in) David J. Patterson, Mitchell L. Sogin, "  eukarióta: eukarióta organizmusok a magvas sejtek  " a The Tree of Life Web Project ,2000(megtekintve 2013. február 4. )
  26. (in) Patrick J. Keeling, Brian S. Leander és Alastair GB Simpson, "  Eukarióták: Eukarióta, sejtmaggal rendelkező sejtek  " az Életfa Web Projektben ,2009(megtekintve 2013. február 4. )
  27. (en) Fabien Burki , „  Az élet eukarióta fája globális filogenomikus perspektívából  ” , Cold Spring Harbour Perspectives in Biology , vol.  6, N o  5,2014. május, a016147 ( ISSN  1943-0264 , DOI  10.1101 / cshperspect.a016147 , online olvasás )
  29. (en) Hisayoshi Nozaki , Shinichiro Maruyama , Motomichi Matsuzaki , Takashi Nakada , Syou Kato és Kazuharu Misawa , „  A Glaucophyta, a zöld növények (Arplastida) és a Haptophyta (Chromalveolata) filogenetikai helyzetei fejlődő maggének  ” , Molecular Phylogenetics and Evolution , vol.  53, n o  3,2009. december, P.  872-880 ( ISSN  1055-7903 , DOI  10.1016 / j.ympev.2009.08.015 , absztrakt )
  30. (en) Thomas Cavalier-Smith , „  Protozoa és Chromista királyság és az eukarióta fa eozoai gyöke  ” , Biology Letters , vol.  6, n o  3,2010. június 23, P.  342-345 ( ISSN  1744-9561 , DOI  10,1098 / rsbl.2009.0948 , olvasható online )
  31. (en) Thomas Cavalier-Smith , „  Kiegészítő anyag a: Protozoa és Chromista királyságokhoz és az eukarióta fa eozoán gyökéréhez  ” , a Biology Letters témában ,2010(megtekintve 2013. április 9. )
  32. (en) Thomas Cavalier-Smith , Ema E. Chao , Alexandra Stechmann , Brian Oates és Sergei Nikolaev , „  Planomonadida ord. nov. (Apusozoa): Ultrastrukturális affinitás a Micronuclearia podoventralis-szal és a mély divergenciák a Planomonas gen-en belül. nov.  ” , Protist , vol.  159, n o  4,2008. október 21, P.  535-562 ( ISSN  1434-4610 , DOI  10.1016 / j.protis.2008.06.002 , összefoglaló )
  33. (in) Marianne A. Minge , Jeffrey D. Silberman , JS Russell Orr , Thomas Cavalier-Smith , Kamran Shalchian-Tabrizi , Fabien Burki , Åsmund Skjæveland és Kjetill S. Jakobsen : "  Az amőbák evolúciós helyzete és a rövidek elsődleges eukarióta divergencia  ” , a Royal Society Filozófiai Tranzakciói B , vol.  276, n o  1657,2009. február 22, P.  597-604 ( ISSN  0962-8436 , DOI  10,1098 / rspb.2008.1358 , olvasható online )
  34. (en) Thomas Cavalier-Smith és Ema E. Chao , „  Apusomonadida (Protozoa: Apusozoa) filogenitása és evolúciója: új nemzetségek és fajok  ” , Protist , vol.  161, n o  4,2010. október, P.  549-576 ( ISSN  1434-4610 , DOI  10.1016 / j.protis.2010.04.002 , összefoglaló )
  35. Hervé Philippe , Agnès Germot , Hervé Le Guyader és André Adoutte : „  Mit tudunk az eukarióták evolúciós történetéről? : 1. Az egyetemes életfa és a filogenetikai rekonstrukció nehézségei  ”, Revue medicine / sciences , Société Française de Génétique, vol.  11, n o  8,1995. augusztus, P.  I-XIII. ( ISSN  0767-0974 , DOI  10.4267 / 10608/2438 , online olvasás [PDF] )
  36. André Adoutte , Agnès Germot , Hervé Le Guyader és Hervé Philippe : „  Mit tudunk az eukarióták evolúciós történetéről? : 2. A protisták diverzifikációjától a többsejtű sejtek sugárzásáig  ”, Revue medicine / sciences , Société Française de Génétique, vol.  12, n o  21996. február, P.  I-XIX ( ISSN  0767-0974 , DOI  10.4267 / 10608/2045 , online olvasás [PDF] )
  37. Peter Hamilton Raven , Georges Brooks Johnson , Kenneth A. Mason , Jonathan B. Losos és Susan S. Singer ( ford.  Jules Bouharmont, Pierre L. Masson és Charles Van Hove), "29. fejezet: A protiszták" , a Biologie-ban [„  Biology, 9. kiadás  ”], Brüsszel, De Boeck Supérieur ,2011, 2 nd  ed. ( 1 st  ed. 2007), XXVI + + 1279 [88]  p. ( ISBN  978-2-8041-6305-1 ) , p.  568-587
  38. (in) David J. Patterson , "  a sokszínűség eukarióta  " , az amerikai naturalista , vol.  154 [Kiegészítés, 1. évf. 65], n o  S4,1999. október, S96-S124 ( ISSN  0003-0147 , PMID  10527921 , DOI  10.1086 / 303287 , JSTOR  10.1086 / 303287 , összefoglalás , online olvasás [PDF] )
  39. (in) David J. Patterson, "  A utódvonalainak eukarióta  " a The Tree of Life Web Project ,2000(megtekintve 2013. február 4. )
  40. (in) Alastair GB Simpson és David J. Patterson , "1. fejezet: Jelenlegi perspektívák a protiszták magas szintű csoportosulásairól" , Laura A. Katz és Debashish Bhattacharya (szerk.), Genomics and Evolution of Microbial Eukaryotes , Oxford , New York, Oxford University Press ,2006, xi + 243  o. ( ISBN  978-0-19-856974-9 ) , p.  7-30
  41. (en) Igor B. Rogozin , maláj Kumar Basu , Miklós Csürös és Eugene V. Koonin , „  Analysis of Rare genom változásainak nem támogatja a Unikont - Bikont Phylogeny és javasolja Cianobakterium Szimbiózis a Point of Primary kisugárzása Eukarióták  ” , Genombiológia és evolúció , vol.  1,2009. május 25, P.  99-113 ( ISSN  1759-6653 , DOI  10.1093 / gbe / evp011 , online olvasás )
  42. (a) Eugene V. Koonin , "  eredete és korai alakulása eukarióták fényében Phylogenomics  " , Genome Biology , Vol.  11, n o  5,2010. május 5, P.  209 ( ISSN  1465-6906 , DOI  10.1186 / gb-2010-11-5-209 , online olvasás )
  43. (in) Roman Derelle és B. Franz Lang , "  Az eukarióta fa gyökeresedése mitokondriális és baktériumfehérjékkel  " , Molecular Biology and Evolution , vol.  29, n o  4,2012. április, P.  1277-1289 ( ISSN  0737-4038 , DOI  10.1093 / molbev / msr295 , online olvasás )
  44. (a) Laura A. Katz , Jessica R. Grant , Laura Wegener Parfrey és J. Gordon Burleigh , "  Rátérve a korona fejjel lefelé: Gene fa gyökerei parsimony eukarióta fa az élet  " , Systematic Biology , Vol.  61, n o  4,2012. július, P.  653-660 ( ISSN  1063-5157 , DOI  10.1093 / sysbio / sys026 , online olvasás )
  45. (in) Jeremy G. Wideman , Ryan R. Gawryluk Michael W. Gray és Joel B. Dacks , "  Az ER-mitokondriumi struktúra találkozásának ősi és széles körű jellege  " , Molecular Biology and Evolution , vol.  30, n o  9,2013 szeptember, P.  2044-2049 ( ISSN  0737-4038 , DOI  10.1093 / molbev / mst120 , online olvasás )
  46. (in) Ding He , Omar Fiz-Palacios , Cheng Jie Fu , Johanna Fehling , Chun-Chieh Tsai és Sandra L. Baldauf , "  Alternatív gyökér az élet eukarióta fájának  " , Current Biology , Vol.  24, n o  4,2014. február 17, P.  465-470 ( ISSN  0960-9822 , DOI  10.1016 / j.cub.2014.01.036 , összefoglaló , online olvasható )
  47. (in) Tom A. Williams , "  Evolution: Gyökeresedési az eukarióta Életfa  " , Current Biology , Vol.  24, n o  4,2014. február 17, R151-R152 ( ISSN  0960-9822 , DOI  10.1016 / j.cub.2014.01.026 , olvassa el online )
  48. (in) római Derelle , Guifré Torruella Vladimír Klimeš , Henner Brinkmann , Eunsoo Kim , Čestmír Vlček , B. Franz Lang és Marek Eliáš , "  Bakteriális proteinek pontosan egy eukarióta gyökér  " , Proceedings of the National Academy of Sciences, az Egyesült Államok of America , vol.  112, n o  7,2015. február 17, E693-E699 ( ISSN  0027-8424 , DOI  10.1073 / pnas.1420657112 , online olvasás )
  49. (in) Dave Speijer Julius Lukeš Marek Eliáš , "A  szex az eukarióta élet mindenütt jelenlévő, ősi és eredendő tulajdonsága  " , Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , vol.  112, n o  29,2015. július 21, P.  8827-8834 ( ISSN  0027-8424 , DOI  10.1073 / pnas.1501725112 , online olvasás )
  50. (en) Alexandra Stechmann és Thomas Cavalier-Smith , „  Az eukarióta fa gyökeresedése származtatott génfúzióval  ” , Science , vol.  297, n o  5578,2002. július 5, P.  89-91 ( ISSN  0036-8075 , PMID  12098695 , DOI  10.1126 / science.1071196 , absztrakt )
  51. (a) Andrew J. Roger és Jeffrey D. Silberman , "  Cell Evolution: mitokondriumok rejtőzködő  " , Nature , Vol.  418, n o  69002002. augusztus 22, P.  827-829 ( ISSN  0028-0836 , DOI  10.1038 / 418827a , összefoglaló )
  52. (in) Alastair GB Simpson és Andrew J. Roger , "  Eukarióta evolúció: Eljutás a probléma gyökeréhez  " , Current Biology , Vol.  12, n o  20,2002. október 15, R691-R693 ( ISSN  0960-9822 , DOI  10.1016 / S0960-9822 (02) 01207-1 , olvassa el online )
  53. (en) Alexandra Stechmann és Thomas Cavalier-Smith , „  Az eukariótafa gyökere pontosan meghatározva  ” , Current Biology , vol.  13, n o  17,2003. szeptember 2, R665-R666 ( ISSN  0960-9822 , DOI  10.1016 / S0960-9822 (03) 00602-X , olvassa el online )
  54. (in) Nobuko Arisue , Masami Hasegawa és Tetsuo Hashimoto , "  Az Eukaryota fa gyökere a többszörös molekuláris szekvenciaadatok kombinált maximális valószínűség-elemzéséből következtetve  " , Molecular Biology and Evolution , vol.  22, n o  3,2005. március, P.  409-420 ( ISSN  0737-4038 , DOI  10.1093 / molbev / msi023 , online olvasás )
  55. (in) Alastair GB Simpson , Yuji Inagaki és Andrew J. Roger , "  Az Excave Protists átfogó multigén filogenikái felfedik a" primitív "'Eukarióták evolúciós helyzetét  " , Molecular Biology and Evolution , vol.  23, n o  3,2006. március, P.  615-625 ( ISSN  0737-4038 , DOI  10.1093 / molbev / msj068 , online olvasás )
  56. (in) Patrick J. Keeling , "  súlyos kérdéseket a Tree of Life  " , Science , vol.  317, n o  5846,2007. szeptember 28, P.  1875-1876 ( ISSN  0036-8075 , DOI  10.1126 / science.1149593 , absztrakt , online olvasható [PDF] )
  57. (in) Charles F. Delwiche , „  követése fonalát Plasztisz sokféleség élet szövetét  ” , az amerikai naturalista , vol.  154 [Kiegészítés, 1. évf. 65], n o  S4,1999. október, S164-S177 ( ISSN  0003-0147 , PMID  10527925 , DOI  10.1086 / 303291 , összefoglaló , online olvasható [PDF] )
  58. (in) Jeffrey D. Palmer , "  szimbiotikus születése és elterjedése Plasztidok: hányszor detektívregény?  ” , Journal of Phycology , vol.  39, n o  1,2003. február 7, P.  4–11 ( ISSN  0022-3646 , DOI  10.1046 / j.1529-8817.2003.02185.x , összefoglaló , online olvasható [PDF] )
  59. (in) Adrian Reyes-Prieto , Andreas PM Weber és Debashish Bhattacharya , "  The Origin és létrehozása a Plasztisz az algák és a növények  " , Annual Review of Genetics , vol.  41,2007. december, P.  147-68 ( ISSN  0066-4197 , PMID  17600460 , DOI  10.1146 / annurev.genet.41.110306.130134 , összefoglaló )
  60. (in) Sven B. Gould , Ross F. Waller és Geoffrey I. McFadden , "  Plasztisz Evolution  " , Annual Review of Plant Biology , vol.  59,2008. június, P.  491-517 ( ISSN  1543-5008 , DOI  10.1146 / annurev.plantum 59.032607.092915 , összefoglaló )
  61. (a) John M. Archibald , "  puzzle a plasztid Evolution  " , Current Biology , Vol.  19, n o  22009. január 27, R81-R88 ( ISSN  0960-9822 , DOI  10.1016 / j.cub.2008.11.067 , olvassa el online )
  62. Marc-André Selosse : „  Az endoszimbiotikus genomok evolúciója: A kicsi előnye?  », Biofutur , vol.  28, n o  2992009. május, P.  28–32 ( ISSN  0294-3506 , online olvasás [PDF] )
  63. (a) Patrick J. Keeling , "  A Endoszimbiotikus eredetű, a diverzifikációt és sorsa plasztidok  " , Philosophical Transactions, a Royal Society B , vol.  365, n o  1541,2010. március 12, P.  729-748 ( ISSN  0962-8436 , DOI  10,1098 / rstb.2009.0103 , olvasható online )
  64. (in) Patrick J. Keeling , "  Plasztid endoszimbiózumok száma, sebessége és hatása az eukarióta evolúcióban  " , A növénybiológia éves áttekintése , vol.  64,2013 április, P.  583-607 ( ISSN  1543-5008 , DOI  10.1146 / annurev-arplant-050312-120144 , összefoglalás , online olvasás [PDF] )
  66. (in) Eunsoo Kim és Linda E. Graham , "Az  EEF2 elemzési kihívásai és az Archaeplastida Chromalveolata monofóliája  " , PLoS One , vol.  3, n o  7,2008. július, e2621 ( ISSN  1932-6203 , DOI  10.1371 / journal.pone.0002621 , online olvasható )
  67. (in) Shinichiro Maruyama , Motomichi Matsuzaki , Kazuharu Misawa és Hisayoshi Nozaki , "  cianobakteriális hozzájárulás a plasztidhiányos protiszták genomjához  " , BMC Evolutionary Biology , vol.  9, n o  197,2009. augusztus 11( ISSN  1471-2148 , DOI  10.1186 / 1471-2148-9-197 , online olvasás )
  68. (en) Denis Baurain , Henner Brinkmann , Jörn Petersen , Naiara Rodríguez-Ezpeleta , Alexandra Stechmann , Vincent Demoulin , Andrew J. Roger , Gertraud Burger , B. Franz Lang és Hervé Philippe : „  Filogenomikus bizonyítékok a Plasztidok a kriptofitákban, a haptofitákban és a stramenopilákban  ” , Molecular Biology and Evolution , vol.  27, n o  7,2010. július, P.  1698-1709 ( ISSN  0737-4038 , DOI  10.1093 / molbev / msq059 , online olvasás )
  69. (in) Laura Wegener Parfrey , Erika Barbero , Elyse Lasser , Micah Dunthorn , Debashish Bhattacharya , David J. Patterson és Laura A. Katz , "  Az eukarióta sokféleség jelenlegi osztályozásának támogatásának értékelése  " , PLoS Genetics , vol.  2, n o  12,2006. december 22, e220 ( ISSN  1553-7390 , PMID  17194223 , PMCID  1713255 , DOI  10.1371 / journal.pgen.0020220 , online olvasás )
  70. (en) Hwan Su Yoon , Jessica Grant , Yonas I. Tekle , Min Wu , Benjamin C. Chaon , Jeffrey C. Cole , John M. Logsdon Jr. , David J. Patterson , Debashish Bhattacharya és Laura A. Katz , „  Eukarióták sokféle mintájú fája  ” , BMC Evolutionary Biology , vol.  8, n o  14,2008. január 18( ISSN  1471-2148 , DOI  10.1186 / 1471-2148-8-14 , online olvasás )
  71. (in) Yonas I. Takla , Laura Wegener Parfrey és Laura A. Katz , "A  molekuláris adatok átalakítják az eukarióták keletkezésének és diverzifikációjának hipotéziseit  " , Bioscience , Vol.  59, n o  6,2009. június, P.  471-481 ( ISSN  0006-3568 , PMCID  2938078 , DOI  10.1525 / bio.2009.59.6.5 , JSTOR  10.1525 / bio.2009.59.6.5 , online olvasható )
  72. (a) Laura Wegener Parfrey , Jessica Grant , I. Yonas Tekle , Erica Lasek-Nesselquist Hilary G. Morrison , Mitchell L. Sogin , David J. Patterson és Laura A. Katz , "  Tágabb A mintában multigén elemzések hozam Nos Megoldott Eukarióta életfa  ” , Systematic Biology , vol.  59, n o  5,2010. október, P.  518-533 ( ISSN  1063-5157 , DOI  10.1093 / sysbio / syq037 , online olvasás )
  73. (en) Hisayoshi Nozaki , Motomichi Matsuzaki , Manabu Takahara , Osami Misumi , Haruko Kuroiwa , Masami Hasegawa , Tadasu Shin-i , Yuji Kohara , Naotake Ogasawara és Tsuneyoshi Kuroiwa , „  A filogenetikai helyzetének vörös alga által feltárt több mitokondriumokat tartalmazó eukariótákból származó nukleáris gének és egy alternatív hipotézis a plasztidok eredetéről  ” , Journal of Molecular Evolution , vol.  56, n o  4,2003. április, P.  485-497 ( ISSN  0022-2844 , DOI  10.1007 / s00239-002-2419-9 , összefoglaló )
  74. (in) Jeremiah D. Hackett , Hwan Su Yoon , Shenglan Li , Adrian Reyes-Prieto , Susanne E. Rümmele és Debashish Bhattacharya , "a  filogenomikus elemzés támogatja a Cryptophyta és a haptophyták monofóliáját és a Rhizaria és Chromalveolates társulását  " , Molecular Biology és az Evolution , vol.  24, n o  8,2007. augusztus, P.  1702-1713 ( ISSN  0737-4038 , DOI  10.1093 / molbev / msm089 , online olvasás )
  75. (en) Fabien Burki , Kamran Shalchian-Tabrizi , Marianne Minge , Åsmund Skjæveland , Sergey I. Nikolaev , Kjetill S. Jakobsen és Jan Pawlowski , „  Phylogenomics reshuffles the eukaryotic supergroups  ” , PLoS One , vol.  2, N o  8,2007. augusztus 29, e790 ( ISSN  1932-6203 , PMID  17726520 , PMCID  1949142 , DOI  10.1371 / journal.pone.0000790 , online olvasás )
  76. (in) Vladimir Hampl , Laura Hug , Jessica W. Leigh , Joel B. Dacks , B. Franz Lang , Alastair GB Simpson és Andrew J. Roger , "  filogenómiai elemzések, amelyek alátámasztják az Excavata monofóliáját és megoldják az eukarióta" szupercsoportok közötti kapcsolatokat "  ” , Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , t .  106, n o  10,2009. március 10, P.  3859-3864 ( ISSN  0027-8424 , DOI  10.1073 / pnas.0807880106 , online olvasás )
  77. (en) Fabien Burki , Kamran Shalchian-Tabrizi és Jan Pawlowski , „  A filogenomika egy új„ megagrupát tár fel ”, amely a legtöbb fotoszintetikus eukariótákra vonatkozik  ” , Biology Letters , vol.  4, n o  4,2008. augusztus 23, P.  366-369 ( ISSN  1744-9561 , PMCID  2610160 , DOI  10.1098 / rsbl.2008.0224 , olvassa el online )
  78. (en) Sen Zhao , Fabien Burki , Jon Bråte , Patrick J. Keeling , Dag Klaveness és Kamran Shalchian-Tabrizi , „  Collodictyon - Egy ősi vonal az eukarióták fájában  ” , Molecular Biology and Evolution , vol. .  29, n o  6,2012. június, P.  1557-1568 ( ISSN  0737-4038 , PMID  22319147 , PMCID  3351787 , DOI  10.1093 / molbev / mss001 , online olvasás )
  79. (en) Thomas Cavalier-Smith , „  Egy felülvizsgált hatkirályságos életrendszer  ” , Biological Reviews , vol.  73, n o  3,1 st augusztus 1998, P.  203-266 ( ISSN  1464-7931 , DOI  10.1111 / j.1469-185X.1998.tb00030.x , összefoglaló )
  80. (en) Thomas Cavalier-Smith , „  Protista filogenitás és a protozoonok magas szintű besorolása  ” , European Journal of Protistology , vol.  39, n o  4,2003, P.  338-348 ( ISSN  0932-4739 , DOI  10.1078 / 0932-4739-00002 , összefoglaló )
  81. (in) Thomas Cavalier-Smith , "  Csak hat királyság az élet  " , Philosophical Transactions of the Royal Society B , vol.  271, n o  15452004. június 22, P.  1251-1262 ( ISSN  0962-8436 , DOI  10,1098 / rspb.2004.2705 , olvassa el az online [PDF] )
  82. (en) Fabien Burki , Yuji Inagaki , Jon Bråte , John M. Archibald , Patrick J. Keeling , Thomas Cavalier-Smith , Miako Sakaguchi , Tetsuo Hashimoto , Ales Horak , Surendra Kumar , Dag Klaveness , Kjetill S. Jakobsen Jan Pawlowski és Kamran Shalchian-Tabrizi , „  Large-Scale Phylogenomic elemzés azt mutatja, hogy két Enigmatic protiszták vonaiakbóí Telonemia és Centroheliozoa, kapcsolódó fotoszintetikus Chromalveolates  ” , Genome Biology and Evolution , vol.  1,2009. július 27, P.  231-238 ( ISSN  1759-6653 , PMID  20333193 , PMCID  2817417 , DOI  10.1093 / gbe / evp022 , online olvasás )
  83. (in) Noriko Okamoto , Chitchai Chantangsi Aleš Horák , Brian S. Leander és Patrick J. Keeling , "  Molecular Phylogeny and Description of the Novel Katablepharid Roombia truncata gen. és sp. nov., és a Hacrobia Taxon nov létrehozása  ” , PLoS ONE , vol.  4, n o  9,2009. szeptember 17, e7080 ( ISSN  1932-6203 , PMID  19759916 , PMCID  2741603 , DOI  10.1371 / journal.pone.0007080 , online olvasható )
  84. (en) Fabien Burki , Noriko Okamoto , Jean-François Pombert és Patrick J. Keeling , „  A haptofiták és kriptofiták evolúciós története: Filogenomikus bizonyítékok külön eredetre  ” , Proceedings of the Royal Society B , vol.  279, n o  17362012. június 7, P.  2246-2254 ( ISSN  0962-8452 , DOI  10.1098 / rspb.2011.2301 , online olvasás )
  85. (a) Denis H. Lynn , "  protiszták Szisztematika  " , Encyclopedia of Life Sciences (ELS) , Chichester , John Wiley & Sons Ltd. , 2 E sorozat,2014. január 15( ISBN  978-0-470-01590-2 , ISSN  1476-9506 , DOI  10.1002 / 9780470015902.a0003153.pub2 , absztrakt )
  86. (a) január Pawlowski , "  protiszták Evolution és Phylogeny  " , Encyclopedia of Life Sciences (ELS) , Chichester , John Wiley & Sons Ltd. , 2 E sorozat,2014. március 17( ISBN  978-0-470-01590-2 , ISSN  1476-9506 , DOI  10.1002 / 9780470015902.a0001935.pub2 , absztrakt )
  87. (in) Charles-François Boudouresque , "7. fejezet: Egysejtű eukarióták taxonómiája és filogenikája " , Jean-Claude Bertrand, Pierre Caumette Philippe Lebaron, Robert Matheron, Philippe Normand és Telesphore Sime-Ngando (szerk.), Környezeti mikrobiológia: Alapjai és alkalmazásai [„Mikrobiális ökológia: az antropizált természeti környezetek mikrobiológiája”], Dordrecht , Heidelberg , New York, London, Springer ,2015, 953  p. ( ISBN  978-94-017-9117-5 , DOI  10.1007 / 978-94-017-9118-2 ) , p.  191-257
  88. (in) Matthew W. Brown , Aaron A. Heiss , Ryoma Kamikawa , Yuji Inagaki , Akinori Yabuki , Alexander K. Tice , Takashi Shiratori , Ken-Ichiro Ishida és Tetsuo Hashimoto , "  Phylogenomics Orphan Protistan Lineages in Novel Eukaryotic Super -Csoport  ” , Genombiológia és evolúció , vol.  10, n o  22018. január 19, P.  427–433 ( ISSN  1759-6653 , PMID  29360967 , PMCID  5793813 , DOI  10.1093 / gbe / evy014 , online olvasás )
  89. (in) Fabien Burki , Andrew J. Roger , Matthew W. Brown és Alastair GB Simpson , "  Az eukarióták új fája  " , Trendek az ökológiában és az evolúcióban , vol.  35, n o  1,2020 január, P.  43–55 ( ISSN  0169-5347 , DOI  10.1016 / j.tree.2018.08.008 , online olvasás )

Tudjon meg többet

A cikk írásához használt dokumentum : a cikk forrásaként használt dokumentum.

Hivatkozási bibliográfiai források

Az eukariótákról általában Az Apusozoa-on

Egyéb bibliográfiai források

Internetes források

Kapcsolódó cikkek