A zászló a Zanzibar változott többször függően az egymást követő kormányok.
Zanzibári Szultanátus
1861. április 6 - 1890
Zanzibari protektorátus
1890 -1963. december 10
Zanzibári Szultanátus
1963. december 10 - 1964. január 12
Zanzibári Népköztársaság
1964. január
Zanzibári Népköztársaság
1964. január 12 - 1964. április 26
Zanzibár Forradalmi Kormánya
1964. április 26 - Folyamatban
A Pemba saját zászlót használt 1964. január 18hónap végén a Pemba Népköztársaság fennállása alatt .