A bélmikrobiota , más néven bélflóra , az állatok emésztőrendszerében található mikroorganizmusok ( archeák , baktériumok , eukarióták ) gyűjteménye . Ide tartoznak tehát a bélben és a gyomorban található baktériumok . A bélflóra jó példa a kölcsönösségre : a különféle organizmusok közötti együttműködés előnyökkel jár mindegyik számára.
A szekvencia előrehaladása lehetővé tette az emberi bél mikrobiota domináns fajainak azonosítását, a megfelelő ökoszisztéma jellemzését és segítséget nyújtott bizonyos patológiák diagnosztizálásában.
A kérődzők nagyon nagy mennyiségű szimbiotikus fajt fogadnak el. Az a képesség, hogy emészthető cellulóz annak köszönhető, hogy archaea .