A Comore-szigeteki Unió területe három autonóm szigetre oszlik, és ezek 54 önkormányzatra oszthatók (a 11-006 / AU. Sz.2011. május 2, kihirdetve 2011. július 21). Adminisztratív okokból az önkormányzatokat 16 prefektúrába sorolják , az alábbiak szerint:
Grande Comore autonóm sziget (Ngazidja)