ATAC-Seq

A betűszó ATAC-seq származik az angol A ssay a T ransposase- A ccessible C hromatin a nagy áteresztőképességű seq uencing . A molekuláris biológiában ezt a technikát használják a kromatin hozzáférhető régióinak , valamint kisebb mértékben a körülöttük lévő nukleoszomális elhelyezkedés jellemzésére . Ezt a módszert először 2013-ban írták le.

Leírás

Az ATAC-seq elve a Tn5 transzpozáznak a minta genomi DNS- ére gyakorolt hatásmódján alapszik . A transzpozázok olyan enzimek, amelyek katalizálják a transzpozonok mozgását a genom más részeire . Noha a természetes transzpozázok aktivitása alacsony, az ATAC-seq túlzottan mutált transzpozázt alkalmaz.

használat

A transzpozonok előnyösen a nukleoszómáktól mentes genomi régiókba épülnek be (angolul nukleoszómától mentes régiók ). Tehát a genom bizonyos lokuszainak szekvenciáinak gazdagodása a nukleoszómák vagy más DNS-fehérje kölcsönhatások hiányát jelzi.

Előnyök

Az ATAC-seq előnyei a következők:

  1. Alacsony biológiai minta mennyiségi követelmények. 50 000 sejt elegendő ehhez a technikához, ellentétben más technikákkal, például az MNase-Seq vagy a DNase-Seq, amelyek legalább 100-szor több anyagot igényelnek.
  2. Sebesség: A teljes protokoll összesen 3 órát igényel.

Megjegyzések és hivatkozások

  1. Jason D Buenrostro , Paul G Giresi , Lisa C Zaba , Howard Y Chang és William J Greenleaf , „  átültetése natív kromatin gyors és érzékeny epigenomic profilozása nyitott kromatin, DNS-kötő fehérjék és nukleoszóma helyzetben  ”, Nature Methods , vol.  10, n o  12,2013. október 6, P.  1213–1218 ( DOI  10.1038 / nmeth.2688 )
  2. Jason D. Buenrostro , Beijing Wu , Howard Y. Chang és William J. Greenleaf , „  ATAC-seq: A Chromatin Accessibility Genome-Wide Assaying Assaying Assaying Methods , A Methoding for Assaying Genome-Wide  ”, Jelenlegi protokollok a molekuláris biológiában ,2015. január( DOI  10.1002 / 0471142727.mb2129s109 )

Külső linkek