Genetikai távolság (populációs genetika)

A taxonómia , genetikai távolság olyan intézkedés a genetikai divergencia két populációk vagy molekulák .

Történelmileg ezt a mérést csak az allélfrekvencia különbségekből vonták le , de ma más információkat is használnak néha.

Számítási módszerek

A genetikai távolság kiszámítására számos módszert javasoltak. A leggyakoribbakat itt jelezzük.

Ebben a cikkben, akkor vegye figyelembe, és a két vizsgált populáció, és rendre és a frekvenciák u-edik allél az l-edik loci. Vizsgáljuk a lokuszokat. $x$ $Y$ ${\ displaystyle X_ {u}}$ ${\ displaystyle Y_ {u}}$ $L$

Nei genetikai távolsága

Ezt az intézkedést 1972-ben javasolta Masatoshi Nei japán-amerikai biológus a következő formában:

${\ displaystyle {\ begin {aligned} D = - \ ln {\ frac {\ sum \ limits _ {l} \ sum \ limits _ {u} X_ {u} Y_ {u}} {\ sqrt {(\ sum \ korlátok _ {l} \ összeg \ korlátok _ {u} X_ {u} ^ {2}) (\ összeg \ korlátok _ {l} \ összeg \ korlátok _ {u} Y_ {u} ^ {2})} }} \ end {igazítva}}}$

$D$ 0 és a végtelen között változik. Ez a modell feltételezi, hogy a két populáció közötti genetikai különbségek a genetikai sodródásból és mutációkból származnak .

Grafikus ábrázolások

Gyakran négynél több populációt vagy molekulát akarunk összehasonlítani, ami felveti ezen adatok hatékony ábrázolásának problémáját. Az általánosan elfogadott megoldás abból áll, hogy az adatokat kétvagy háromdimenziós reprezentációvá redukáljuk, a többváltozós statisztikákban kifejlesztett módszerek és különösen a főkomponens-elemzés segítségével .

Használat filogenetikában

Lásd is

Fixing index ( ) ${\ displaystyle F_ {ST}}$

Megjegyzések és hivatkozások

Hivatkozások

(en) Mark Jobling, Edward Hollox, Matthew Hurles, Toomas Kivisild és hris Tyler-Smith, Human Evolutionary Genetics: Második kiadás , New York és London, Garland Science,2014, 690 p. ( ISBN 978-0-8153-4148-2 ) , "6.3. A GENETIKAI TÁV MÉRÉSE ”, pp. 173-182

o. 173
„A genetikai távolság és a populáció szerkezete többváltozós elemzésekkel ábrázolható”, p. 179-180

Egyéb hivatkozások

(en) Nei, M., " A populációk közötti genetikai távolság " , Am. Nat. , vol. 106,1972, P. 283–292 ( DOI 10.1086 / 282771 )

Megjegyzések