Génjóslás
A bioinformatikai , gén predikciós magában területek azonosítása DNS , amelyek megfelelnek a gének (a fennmaradó rész nem kódoló ).
Két megközelítés
Hasonlóság-előrejelzés
A hasonlósági módszerek, más néven homológia vagy extrinsic módszerek, magukban foglalják a genomon kívüli információk felhasználását a gének megtalálásához. Pontosabban, ezek a módszerek abból állnak, hogy összehasonlítjuk a vizsgált szekvenciát az adatbázisokban összegyűjtött ismert szekvenciákkal. Például az expresszált szekvenciamarkerekhez vagy a messenger RNS-ekhez tartozó szekvenciákat alkalmazzuk.
Mivel a szekvenciák lehetnek szorosak, de ritkán egyenlőek, szekvenciaillesztési algoritmusokat is használunk , például Smith-Waterman algoritmust vagy BLAST heurisztikát .
Ab Initio jóslat
Az Ab Initio jóslatok , amelyeket De Novo-nak vagy intrinziknek is neveznek , olyan módszerek, amelyek csak magán a szekvencián működnek. Általában két olyan tulajdonság van, amely lehetővé teszi a gén megtalálását:
- szignálok, amelyek a génekre jellemző szekvenciák, például promoterek és stop kodonok ;
- A szekvenciák statisztikai összetételének elemzése. A genomokra gyakorolt szelekciós nyomás a szekvenciák jellegétől függően eltérő összetételű torzulások jelenlétét váltja ki : exonok , intronok , intergenikus régiók, heterokromatin ... Ezeket a torzításokat utólag lehet felhasználni annak megjóslására, hogy melyik osztály szekvenciája tartozik egy a genom adott régiója. Ezek az elemzések a szekvenciák rejtett Markov modellekkel történő modellezésén, a kutatás pedig a Viterbi algoritmuson alapulnak .
Megjegyzések és hivatkozások
-
Catherine Mathé , Marie-France Sagot , Thomas Schiex és Pierre Rouzé , „ A génjóslás jelenlegi módszerei, erősségei és gyengeségei ”, Nucleic Acids Research , vol. 30, n o 19,
2002, P. 4103-4117 ( online olvasás )
-
Hélène Touzet, " Prezentáció: gének megjóslása " , a Lille-i alapvető informatikai laboratóriumról
Külső linkek