A SARS-CoV-2 alfa-változata

Az Alpha-változat a SARS koronavírus-2 , más néven B.1.1.7 vagy akár VOC-202012/01 , vagy variáns Concern 202012/01 korábban VUI-202012/01 , az úgynevezett „  angol változat  ” vagy „  brit változat  ”, A SARS-CoV-2 , a Covid-19-ért felelős koronavírus egyik változata . Először itt észlelték2020 októberaz Egyesült Királyságban a Covid-19 járvány során az előző hónapban vett minták alapján, és gyorsan elterjedt2020 december. Elterjedése összefüggésben áll a Covid-19 esetek számának jelentős növekedésével az Egyesült Királyságban. Úgy tartják, hogy ez a növekedés legalább részben annak köszönhető, hogy N501Y mutációt az S peplomer a vírus érintő receptor-kötő domén , vagy RBD (a receptor-kötő domén ), amely képes kötődni az L konvertáló enzimet. angiotenzin 2 (ACE2) az aszparagin maradékát az 501 helyzetben lévő tirozinnal helyettesítjük .

Tulajdonságok

Mutációk

A mutációk a SARS koronavírus-2 gyakori: több, mint 4000 mutációt mutattunk2020 decembercsak az S- glikoproteinben . A mutációk elemzése a vírusok populációban történő elterjedésének általános követési módja. Amellett, hogy képes volt például megmutatni, hogy a SARS-CoV-2 ezer belépési ponttól terjedt el az Egyesült Királyságban, azt is megmutatta, hogy a G614 mutációt hordozó variáns teljesen felváltotta a D614-et hordozó törzseket mutáció.

A VOC-202012/01 variánst 23 mutáció jellemzi:

• négy törlés ,
• tizenhárom nem szinonim mutáció ,
• hat szinonim mutáció ;

vagy 17 olyan mutáció, amely aminosav-változást vált ki a virális RNS- ből transzlált fehérjékben .

2021 februárjában az E484K mutáció, amely hatással van a vírus csúcsfehérjéjére, ami hasonlóvá teszi a dél-afrikai és brazil változatokhoz, főleg Anglia délnyugati részén terjed és aggasztja a tudósokat.

Átadhatóság

A NERVTAG  (in) brit kutatók jelzik2020. december 18hogy minden valószínűség szerint a VOC-202012/01 változat lényegesen fertőzőbb, mint a többi. A rendelkezésükre álló adatok azonban nem elegendőek a megnövekedett átvihetőség mögöttes mechanizmusának, az esetek életkor vagy súlyosság szerinti megoszlásának megmagyarázására. Becsléseik szerint, mivel ennek a változatnak a relatív prevalenciája megduplázódott 6,4 naponta, kétszer olyan fertőző, mint az eredeti vírus, 70% -os szelekciós együtthatóval. Megállapítják a nagyobb szaporodási arány és a B.1.1.7.5 változat kimutatása közötti összefüggést is. Noha más magyarázatok is lehetnek, valószínű, hogy ez az összefüggés e változat nagyobb átadhatóságából fakad; a laboratóriumi elemzéseknek tisztázniuk kell ezt a pontot.

A VOC-202012/01 variáns egyik legjelentősebb mutációja az N501Y. Ez a mutáció befolyásolja a receptor-kötő motívumot vagy az RBM-et (a receptor-kötő motívum esetében ), az RBD- maradékok azon csoportját, amelyek közvetlenül érintkeznek az emberi ACE2-vel . Ezen a szinten a mutációk módosítják az antitestfelismerést és az S peplomer ACE2-hez való kötődési specifitását .

Gravitáció

A NERVTAG becslése szerint 2020. december 18hogy nincs elég adat a SARS-CoV-2 VOC-202012/01 változata által kiváltott Covid-19 súlyosságára vonatkozóan . A brit hatóságok másnap jelzik, hogy ezen a napon nem volt bizonyíték arra, hogy a vírus új változata halálosabb lenne, vagy hogy másképp reagálna az oltásokra vagy a kezelésekre.

A szekvenálás a variáns VOC-202.012 / 01 mutatott mutációt Q27stop - helyettesítése maradékot glutamin 27-es pozícióban egy kodon-stop  - amely levágja a fehérjét a ORF8 ( nyitott leolvasási keret n o  8), vagy inaktív lesz. Egy korábbi vizsgálatban, változatok a SARS koronavírus-2 hiányzik a gének a nyitott leolvasási keret n o  8 jártak enyhébb tüneteket és egy jobb prognózis .

Az S- glikoprotein delécióját a 69-70-es pozícióban "olyan vírusokban figyelték meg, amelyek megkerülik bizonyos immunhiányos betegek immunválaszát", és azt is megállapították, hogy "az RBD egyéb módosításaival társulnak" .

A vakcina hatékonysága

Vége 2020, számos oltást fejlesztettek ki vagy használtak már a Covid-19 ellen. Legtöbbjük célozzák S- glikoprotein , mint a fő antigén , és a VOC-202.012 / 01 variáns SARS koronavírus-2 számos mutációt ebben a fehérje. Az immunrendszer azonban a fehérje több régióját megcélzó antitesteket termel ezekre az oltásokra reagálva, ezért nem valószínű, hogy az S peplomer mutációja befolyásolja ezen vakcinák hatékonyságát. A mutációk felhalmozódása azonban szükségessé teheti az oltások módosítását. A SARS-CoV-2 lassabban mutálódik, mint például az influenza vírusok , így a hatékony oltások megszűnnek 2020 azok, amelyek szükség esetén módosíthatók.

Mégis 2021 februárjában a tudósokat aggasztotta a főként Anglia délnyugati részén található brit változat E484K mutációja, amely hatással lehet az oltások hatékonyságára.

Statisztika

Festés

Diffúzió

Az első eset valószínűleg egy közepesszeptemberaz Egyesült Királyságban , Kentben . Ezt követően több mint ezer esetet azonosítottak a2020 decemberaz Egyesült Királyságban, főleg Anglia délkeleti részén . Más eseteket Walesben és Skóciában azonosítottak . Körülbelül egy negyed esetben Covid-19 London  (in) okozta az új változat kezdetnovember, az arány elérte a harmadik kezdetet december ; becsültükdecemberhogy a londoni Covid-19 esetek 60% -a ennek az új változatnak köszönhető. Nál nélDecember 20, kilenc VOC-202012/01 esetet azonosítottak Dániában , négyet Belgiumban és egyet Hollandiában , Ausztráliában és Olaszországban . Nem sokkal később ezt a változatot Izlandon és Gibraltárban , majd Szingapúrban , Izraelben és Észak-Írországban is megtaláltákDecember 23, A Németország és Svájc-ból aDecember 24És Írország , Japán és Franciaország aDecember 25-én. Vége2020 december, a brit változat különösen Európában , Észak-Amerikában ( Kanada , Egyesült Államok ), Ázsiában ( Dél-Korea ), Dél-Amerikában ( Chile ) és Dél-Ázsiában ( India ) terjedt el .

50–70% -kal fertőzőbbnek tekintik, ez a variáns gyorsan előnyt szerez a kezdeti vírussal szemben Franciaországban: a Franciaországban vagy az Egyesült Államokban 2021. március közepén keringő vírusok 35% -át képviseli, és ez képviseli a május eleje.

Megjegyzések és hivatkozások

Megjegyzések

1. A szelekciós együttható ennek a változatnak a relatív prevalenciájának megduplázási sebességéből becsülhető meg az ln (2) * 6,5 / 6,4 = 0,704 , azaz + 70% szerint, ahol 6,5 a két vírusgeneráció közötti becsült intervallum; ez fertőzési exp (0,704) = 2,02-szer magasabb, mint az ősvírus.

Hivatkozások

1. "  Alpha, Beta, Gamma ... WHO átnevezi a Covid-19 változatait  " a liberation.fr webhelyen ,1 st június 2021.
2. (en) „  Új SARS-COV-2 variáns vizsgálata. Az aggodalom változata 202012/01  ” [PDF] , a asset.publishing.service.gov.uk címen , Public Health England , 2020 december(megtekintés : 2020. december 29. ) .
3. (in) "  Covid: A Nemzetek utazási tilalmat ír elő az Egyesült Királyság számára az új változat miatt  " a bbc.com- on , a BBC-n , December 20(megtekintés : 2020. december 29. ) .
4. (en) Jacqui Wise , „  Covid-19: Új koronavírus-változatot azonosítottak az Egyesült Királyságban  ” , BMJ , vol.  371, 2020. december 16, P.  4857 ( PMID  33328153 , DOI  10.1136 / bmj.m4857 , online olvasás )
5. (in) Bette Korber, Will Fischer, Sandrasegaram Gnanakaran, Hyejin Yoon James Theiler Werner Abfalterer Nick Hengartner, Elena E. Giorgi, Tanmoy Bhattacharya, Brian Foley, Kathryn M. Hastie, Matthew D. Parker, David G Partridge, Cariad M. Evans, Timothy M. Freeman, Thushan I. de Silva, Charlene McDanal, Lautaro G. Perez, Haili Tang, Alex Moon-Walker, Sean P. Whelan, Celia C. LaBranche, Erica O. Saphire és David C. Montefiori , „  A SARS-CoV-2 tüske változásainak nyomon követése: Bizonyíték arra, hogy a D614G növeli a COVID-19 vírus fertőzőképességét  ” , Cell , vol.  182, n o  4, 2020. augusztus 20, P.  812-827 ( PMID  32697968 , PMCID  7332439 , DOI  10.1016 / j.cell.2020.06.043 , online olvasás )
6. (a) Sharon Peacock, "  Itt van, amit tudni az új variáns koronavírus  " szóló https://www.theguardian.com/ , The Guardian , 2020. december 22(megtekintés : 2020. december 29. ) .
7. https://francais.medscape.com/voirarticle/3606844?src=WNL_mdplsfeat_210205_mscpedit_fr&uac=264901PJ&impID=3173668&faf=1
8. (en) "  NERVTAG találkozó egy SARS koronavírus-2-variáns vizsgált VUI-202.012 / 01  " on https://khub.net/ , tudáshálózatként 2020. december 18(megtekintés : 2020. december 29. ) .
9. (in) "  Új bizonyíték VUI-202012/01 és felülvizsgálata közegészségügyi kockázatértékelés  " (elérhető 29 december 2020 ) .
10. (in) Chunyan Yi Xiaoyu Sun Jing Ye Longfei Ding Meiqin Liu Zhuo Yang, Xiao Lu, Yaguang Zhang Liyang Ma Wangpeng Gu Aidong Qu, Jianqing Xu Zhengli Shi Zhiyang Ling és Bing Sun , "  Key maradványok a receptor kötő motívum a tüske a SARS-CoV-2 fehérje, amely kölcsönhatásba lép ACE2-vel és semlegesítő antitestekkel  ” , Cellular & Molecular Immunology , vol.  17, n o  6, 2020. június, P.  621-630 ( PMID  32.415.260 , PMCID  7.227.451 , DOI  10.1038 / s41423-020-0458-Z , olvasható online )
11. (in) "  Covid: aki 'szoros kapcsolatban' az Egyesült Királyságban több mint új változat vírus  " a https://www.bbc.com/news/ , BBC News , 2020. december 20(megtekintés : 2020. december 29. ) .
12. (in) "  Ahogy ez történt: Szigorúbb szabályok karácsonyra vázoljuk Covid  " szóló https://www.bbc.com/news/ , BBC News , 2020. december 19(megtekintés : 2020. december 29. ) .
13. (in) Andrew Rambaut Nick Loman, Oliver Pybus, Wendy Barclay, Jeff Barrett, Alesandro Carabelli, Tom Connor Tom Peacock, David L. Robertson és Erik Volz, "  az előzetes jellemzése genomi év kialakulóban SARS koronavírus-2 sejtvonal az Egyesült Királyságban a tüskemutációk új csoportja határozza meg  ” , a https://virological.org/ oldalon , 2020. december 19(megtekintés : 2020. december 29. ) .
14. (in) Luca Zinzula , "  Elveszett törlésben : A SARS-CoV-2 rejtélyes ORF8 fehérje  " , Biokémiai és Biofizikai Kutatási Kommunikáció , 2020. október 21( PMCID  7577707 , DOI  10.1016 / j.bbrc.2020.10.045 )
15. (in) Kai Kupferschmidt, "a  mutáns koronavírus az Egyesült Királyságban riasztásokat indít el, a célok jelentősége továbbra sem világos  " a https://www.sciencemag.org/ , Science , 2020. december 20(hozzáférés  : 2020. december 29. ) :„  Az aggodalom egyik oka Rambaut szerint az, hogy a 17 mutáció közül nyolc van abban a génben, amely a tüskefehérjét kódolja a vírus felületén, amelyek közül kettő különösen aggasztó. Korábban kimutatták, hogy az egyik, az úgynevezett N501Y, növeli, hogy a fehérje mennyire szorosan kötődik az angiotenzin-konvertáló 2-es enzim receptorához, amely az emberi sejtekbe jut. A másik, 69-70del nevű, két aminosav elvesztéséhez vezet a tüskefehérjében, és olyan vírusokban találták, amelyek elkerülik az immunválaszot egyes immunhiányos betegeknél.  ".
16. (in) Tung Thanh Le, Jakob P. Cramer, Robert Chen és Stephen Mayhew , "  A Covid-19 vakcina fejlesztési tájának alakulása  " , Nature Reviews , vol.  19, n o  10, 2020 október, P.  667-668 ( PMID  32887942 , DOI  10.1038 / d41573-020-00151-8 , online olvasás )
17. (in) Sunita Patel-Carstairst, "  Covid-19: London és Délkelet-készlet Tier 4 szabályok - Covid új változat a 'valódi ok az aggodalomra'  " felett https://news.sky.com/ , Sky News , 2020. december 19(megtekintés : 2020. december 29. ) .
18. https://francais.medscape.com/voirarticle/3606844?src=WNL_mdplsfeat_210205_mscpedit_fr&uac=264901PJ&impID=3173668&faf=1 .
19. "  GISAID - hCov19 Variants  " , www.gisaid.org címen (elérhető : 2021. július 14. )
20. "  Az új koronavírus követési változatai Kanadában  " , a CTV News oldalán ,2021. február 4(elérhető : 2021. július 14. )
21. "  Heti jelentés a fertőző betegségekről  " , az Országos Fertőző Betegségek Intézetéről (elérhető : 2021. július 14. )
22. (in) Noah Higgins-Dunn, "  Az Egyesült Királyságban új Covid helyeslése MTA-19 törzs terjed gyorsabban. Íme, amit tudnak  ” , a https://www.cnbc.com/ címen , CNBC , 2020. december 19(megtekintés : 2020. december 30. ) .
23. (in) James Gallagher, "  Új koronavírus változat: Mit tudunk?  » , A https://www.bbc.com/news/ oldalon , a BBC News , 2020. december 20(megtekintés : 2020. december 30. ) .
24. (in) Tim Ross és Eddie Spence, "  London kezdődik Emergency Lockdown UK Harcol New vírustörzs  " szóló https://www.bloomberg.com/news/ , Bloomberg News , 2020. december 19(megtekintés : 2020. december 30. ) .
25. (in) Jon Henley, Sam Jones, Angela Giuffrida és Oliver Holmes "  EU-hold válság tárgyalások, mivel az országok utazni az Egyesült Királyságban több mint új blokk Covid törzs  " a https://www.theguardian.com/ , The Guardian , 2020. december 20(megtekintés : 2020. december 30. ) .
26. (in) "  Hollandia megtiltja az Egyesült Királyságból induló járatokat a Covid új mutáció miatt  " a https://www.brusselstimes.com/ oldalon , The Brussels Times (in) ,  2020. december 20(megtekintés : 2020. december 30. ) .
27. (in) Kate Kelland, "  magyarázat adó - Az új koronavírus terjedő Nagy-Britanniában: Aggasztó Hogy van ez?  » , A https://www.reuters.com/ oldalon , Reuters , 2020. december 21(megtekintés : 2020. december 30. ) .
28. (in) Nick Squires és Richard Orange, "  Új koronavírus törzs észlelt szerte a világon, Gibraltár Ausztrália  " on https://www.telegraph.co.uk/ , a The Daily Telegraph , 2020. december 21(megtekintés : 2020. december 30. ) .
29. (in) Ng Keng Gene, "  Szingapúr megerősíti az első doboz új Covid-19 törzset Nagy-Britanniából, 17 éves diák, aki nemrég tért vissza Nagy-Britanniából  " a https://www.straitstimes.com/ , The Straits Times , 2020. december 24(megtekintés : 2020. december 30. ) .
30. (in) Gerry Moriarty, "  Először a brit box variáns törzs Covid-19 megerősített Észak-Írország  " on https://www.irishtimes.com/ , The Irish Times , 2020. december 23(megtekintés : 2020. december 30. ) .
31. (en) Ludwig Burger, "  Németország számolt első doboz változata koronavírus terjed Nagy-Britanniában  " , a https://www.reuters.com/ , Reuters , 2020. december 24(megtekintés : 2020. december 30. ) .
32. „  COVID-19: új változata a koronavírus felfedezett két minta Svájc  ” , a https://www.bag.admin.ch/ , Szövetségi Közegészségügyi Hivatal , 2020. december 24(megtekintés : 2020. december 30. ) .
33. (in) Eoghan Moloney, "  A Covid-19 új brit változata megerősítést nyert Írországban, míg 1025 új eset és további két haláleset megerősítést nyert  " az https://www.independent.ie/ , Irish Independent , 2020. december 25(megtekintés : 2020. december 30. ) .
34. (in) Emma Graham-Harrison, "  Japán és Franciaország az Egyesült Királyságban talált változó koronavírus dobozait hordozza  " a https://www.theguardian.com/ oldalon , The Guardian , 2020. december 25(megtekintés : 2020. december 30. ) .
35. (in) "  koronavírus: esetei új változat jelenik meg világszerte  " szóló https://www.bbc.com/news/ , BBC News , 2020. december 27(megtekintés : 2020. december 30. ) .
36. (in) "  Ontario azonosított 1. doboz Covid-19 variáns kimutatható az Egyesült Királyságban  " , a https://www.cbc.ca/ , CBC , 2020. december 26(megtekintés : 2020. december 30. ) .
37. (in) Carl Zimmer és Bryan Pietsch, "  Első amerikai Case rendkívül fertőző koronavírus Variant található Colorado  " on https://www.nytimes.com/ , a The New York Times , 2020. december 29(megtekintés : 2020. december 30. ) .
38. (in) "  Dél-Korea Kiterjeszti Britannia repülési tilalom után pozitív teszt a vírus variáns  " szóló https://www.voanews.com/ , Voice of America , 2020. december 28(megtekintés : 2020. december 30. ) .
39. (in) "  Chile nyilvántartja a koronavírus brit változatának első esetét - egészségügyi minisztérium  " , https://www.reuters.com/ , Reuters , 2020. december 29(megtekintés : 2020. december 30. ) .
40. (in) "  Koronavírus: India megerősít hat doboz új Covid-sort  " a https://www.bbc.com/news/ , BBC News , 2020. december 29(megtekintés : 2020. december 30. ) .
41. "  A Sars-Cov-2 brit változata hamarosan domináns lesz Franciaországban, de mikor?  » , A France Inter-en ,2021. január 8.
42. https://www.francetvinfo.fr/replay-radio/l-interview-eco/coronavirus-nous-trouvons-en-moyenne-35-de-variant- sylvie- pdg- laboratoire -cerba_4279271.html
43. (in) „  Variant A brit valószínű -át teszik ki az 30% Covid fertőzések az Egyesült Államokban, Fauci mondja  ” ,2021. március 19