Élő (filogenetikai osztályozás)

Ez az oldal egy sorozatot nyit, amelynek célja az élő sejtek filogenetikai fájának bemutatása , vagyis egy kladogram, amely kiemeli a különféle élő vagy kihalt szervezetek (vírusvilág kivételével) taxonokba csoportosuló komplex evolúciós kapcsolatait , mint a legfrissebb elismert elemzések. javaslom. Ez csak egy lehetőség, és ez a fa, mint az alábbiak (a következő cikkekben, amelyeket ► jelöl.) Folyamatosan frissül.

Új módszerei miatt a filogenitás, az élőlények filogenetikai osztályozásának egyik legfrissebb tudománya virágzik, és néha olyan eredményeket kínál, amelyek ellentmondanak a régi osztályozásoknak, kizárólag morfológiai és fiziológiai kritériumok alapján. Bizonyos konkrét pontokról néha még mindig vita folyik a tudományos közösségen belül. A cél adott esetben ezek bemutatása itt is.

Filogenetikai fák

A három terület jövőképe:

vagy jelenlegi jövőkép (2020):

Tudományos vita az élőlények filogenikájáról

Az életfa gyökerének egyik fő kérdése nyilvánvalóan e gyökér helye az ismert csoportokhoz viszonyítva. Carl Woese óta úgy gondoljuk, hogy három „élő birodalom” létezik ( Archaea , Eubacteria és Eukaryota ), amelyeknek nincs követhető gyökere, mivel az elemzés azt feltételezné, hogy külső csoportja van ... Az Eukaryota eredete maga is ellentmondásos: Archaea testvércsoportja vagy önmagában Crenarchaeota , harmadik vonal vagy szimbiotikus eredet, az oldalirányú transzferek szerepe stb.

Spang és munkatársai 2016-ban készített új tanulmánya . a 16S RNS elemzésének köszönhetően hasonlóságokat mutat egyes fehérjék kódolásában a nemrégiben felfedezett Archaea Asgard és Eukaryotes csoport között. Spang és mtsai. hozná a gyökér a Eukaryotes belüli archaea maga , egy csoporton belül az úgynevezett „Eukaryomorpha”, amely tartalmazza a Asgard és a Eukaryotes . Ez az Eukaryomorpha csoport maga kapcsolódna a TACK nevű archeák csoportjához . Ezt az elméletet azonban 2018-ban Da Cunha et al. , majd módosítása közben rehabilitálták.

Valóban, a NCBI , egy kiadvány, azt javasolja, hogy a archaea Asgard alkotnak monofiletikus csoportot az eukarióta , megtartva a monofiliáját a archaea , ellentétben a kiadványok Spang et al. Valójában az Asgard és az Eukarióták (Eukaryomorpha néven csoportosítva) alkotnák az igazi Archea testvércsoportját. Ez a tanulmány megtartaná a három terület elméletét.

Jelenleg lehetetlen megtudni, hogyan tagolódik a vírusvilág a sejtvilággal. Ezért nem foglalkozunk sem ebben a cikkben, sem abban a sorozatban, amelyet a három „élő birodalom” oldala nyit meg.

Figyelmeztetések és megjegyzések a fákról

Követendő elágazás

A cladograms bemutatott ebben a sorozatban elágazások fejlődött fel a ranglétrán fölött közvetlenül nemzetségek . Céljuk, hogy összhangban legyenek a legújabb közzétett és hozzáférhető elemzésekkel. Ezek nem feltétlenül konszenzusosak, és mindig hivatkozhatunk a cikk végén feltüntetett bibliográfiákra.

A taxonok nevét latinul adják meg , összhangban a nemzetközi tudományos egyezményekkel (és ebben a Wikipédiában a nemzetségnél nagyobb taxonok elnevezési megállapodása ). A botanikusok és zoológusok tipográfiai szokásai eltérnek egymástól, és néhány jelenlegi csoport a két hagyományos terület alá tartozik, valamint az olvasás megkönnyítése érdekében a nemzetségnél magasabb taxonok nevét mind egyenes betűkkel, nemzetségek vagy fajok nevével írják dőlt betűvel.

A cikksorozat kladogramjai bemutatják a kövületcsoportokat is, amelyek időnként jelentősen megnövelik méretüket, beleértve a szélességüket is. Ezért a jobb olvashatóság érdekében több cikket javasolunk, amelyek az "általános fa" helyett a változó méretű fákat mutatják be a legfontosabb "taxonok" szerint.

Itt található egy útmutató a különböző cikkek gyorsabb megtalálásához. Ez nem filogenetikai fa, hanem összefoglaló - tartalomjegyzék, amely nem a taxonok elágazását említi, hanem azt, hogy a sorozat cikkei hogyan illeszkednek egymáshoz. A nem említett taxonokat a magasabb szintű taxonról szóló cikk fejleszti (például: Demospongiae a Metazoa cikkében ).

az élő

Az osztályok, a megrendelések és a családok eltűntek

Ezekben a fákban az "─o" jelöli a "csomópontot" (ha még nem kapott tudományos nevet, egyszerűen nem nevezik meg, vagy ellipszisekkel jelölik), vagy egy végső "elágazást" (ha még nem kapott tudományos név, dőlt betűvel viseli a reprezentatív nemzetség nevét). „─? Bizonytalanságot jelent a klád fában való elhelyezkedése, vagy egyáltalán egy monofiletikus kládként létezik . Ezenkívül bármely, kétnél több "ágat" hordozó "csomópont" már a kladisztikus elemzés bizonytalanságát jelenti.

Ne feledje, hogy minden „csomópontnál” annak a sorrendnek, amelyben a különböző ágakat jelezzük, a grafikuson kívül nincs más jelentősége: ha A és B testvérek, akkor B és A is! A csak egy ágat hordozó „csomópontnak” nincs jelentése: amikor a Linnéi-nómenklatúra nevei osztályozási szintjei szerint nagyon különböznek, általában ugyanazon taxon főneveit ugyanazon a soron tüntették fel. A rend nevét általában előnyben részesítették a család nevével szemben, amikor ugyanazon gyökérre épültek.

Rendkívüli események

A korábban parafiletikus taxonok neve (ide nem értve az utolsó közös őse összes leszármazottját) korlátozta vagy kiterjesztette jelentését, hogy monofiletikus kládokon alkalmazhatók és a fán maradjanak; más parafiletikus vagy polifiletikus taxonok pusztán és egyszerűen eltűntek a filogenetikai osztályozásból, és már nem találhatók meg a kladogramjainkban, annak ellenére sem, hogy továbbra is gyakran használják őket, például prokarióták , protiszták , protozoonák , aktinopodák , heliozoanok , algák , Pteridophytes , kétszikűek , a gerinctelenek , a szivacsok vagy a Porifera , a Sclerospongia , a koelenterátumok , a halak , az Agnatha , az Ostracodermi , a Placodermák és az acanthodians , a hüllők , a patások , a pterobranchs , a pseudocoelomate , az Unirames , a Turbellaria , a Maxillopods a Polychaetes stb.

Néhány "kis" taxon (általában a "hagyományos osztályozás" alcsaládok vagy "családok"), bár parafiletikusak, mégis megjelennek a fán; különben szükség lett volna a nemzetségek, sőt a fajok szintjére "leszállni"! Másutt alapértelmezés szerint a teljes szakaszok fenntartják a hagyományosabb osztályozást bemutató kladogramokon, amelyet még nem végzett elemzések vagy új publikációk módosítanak.

Ezenkívül hibákat is elkövettek, és ezeket a cikkeket folyamatosan frissítik; nem ajánlatos ellenőrzésük nélkül megbízni a tartalmukban. A cikkek végén található hivatkozások és hivatkozások megbízhatónak ítélt, de olykor ellentmondásos forrásokat jeleznek. A vita feltételeit a különféle cikkek is nagyon röviden kifejtik.

Megjegyzések és hivatkozások

  1. (in) Tom A. Williams és mtsai. , A gének és a genom evolúciójának integratív modellezése gyökerezi az archeális életfát , 2017-ben megjelent DOI : 10.1073 / pnas.1618463114
  2. (in) Castelle, CJ, Banfield, JF, "A  fő csoportok kibővítik az új mikrobiális sokféleséget és megváltoztatják az életfa megértését  " , Cell , vol.  172, n o  6,2018, P.  1181-1197 ( PMID  29522741 , DOI  10.1016 / j.cell.2018.02.016 )
  4. "  Az élőlények sötét anyaga  ", Pour la Science , n o  469 "Különszám: A mikrobák új világa  ",2016. november, P.  32–33 ( ISSN  0153-4092 , online olvasás )
  5. (in) Violet Da Cunha , Morgan Gaia , Arshan Nasir és Patrick Forterre , "  Asgard archaea ne zárja a vitát arról az egyetemes élet fája topológia  " , PLoS Genetics , vol.  14, n o  3,2018. március 29, e1007215 ( ISSN  1553-7404 , PMID  29596428 , PMCID  PMC5875737 , DOI  10.1371 / journal.pgen.1007215 , online olvasás , hozzáférés : 2019. február 10. )

Tudjon meg többet

Bibliográfia

A cikk írásához használt dokumentum : a cikk forrásaként használt dokumentum.

Külső linkek

Kapcsolódó cikkek

Megvizsgáljuk a cikkekben megjelent, viszonylag tömör fákat is: