A szamaritánus lázadások egy sor felkelést jeleznek, amelyek 484 és 572 között zajlottak "Palesztina Prima" tartományban. Szembesítették a szamaritánusokat a Bizánci Birodalommal . Mindkét oldalon erőszakos módon ezeket a lázadásokat a bizánciak és gassanida szövetségeseik brutálisan elfojtották . Ez a szamaritánusok számának hirtelen csökkenését eredményezte, ami megváltoztatta a térség demográfiáját, és a keresztények váltak a birodalom ezen tartományának meghatározó csoportjává több évtizedre.
Miután a lázadás Bar Kochba a Júdeában (132-135), Jeruzsálem volt, lerombolták a Hadrianus és tilos zsidóknak , akik minden tendenciák egyesítjük, kizárták a városban és annak környékén. El kellett hagyniuk Júdeát , hogy Galileaba és a Golán-fennsíkba telepedjenek , helyüket a part menti régióban szamaritánusok és bizánci keresztények helyettesítették, míg a nabateusiak és a ghassanidák keresztényei a periférián telepedtek le.
Szamariában, a Templom Garizim hegy után újjáépítették a zsidó felkelés 135. A mozgása a római csapatok Júdeába Samaria hagyjuk élvezni bizonyos autonómiát során III th században , és a IV th században . Baba Rabba főpap (kb. 288 - 362), a közösség vallási és politikai vezetője vezetésével a területet a szamaritánus nemesség tagjai által irányított körzetekre osztották. A politikai intézmények reformja mellett Baba Rabba meghatározta a szamaritánus liturgia fő szabályait: ez volt a szamaritánus kultúra aranykora. Rövid életűnek kellett lennie, mivel néhány évtizeddel később a bizánci erők elfogták Baba Rabbát és fogságba vitték Konstantinápolyba, ahol 362 körül a börtönben meghalt volna.
Zénó császár uralkodása alatt (r. 474 - 475 és 476 - 491) nőtt a feszültség a keresztény közösség és a szichemi szamaritánusok között (a görögöknél: Neapolis; ma Nablus). Szamaritániai források szerint Zénó (akit "Zaitnak, Edom királyának hívnak") hevesen üldözte a szamaritánusokat. A császár személyesen ment Sikembe, ahol összegyűjtötte a közösség véneit, akikhez megtérést parancsolt. Elutasításukra Zénó nagy részüket megölte, és zsinagógájukat templommá alakította . Megfogta a Garizim-hegyet, a szamaritánusok szent hegyét, ahol imádták Istent, és több épületet is felépített ott, köztük egy monumentális sírt nemrég elhunyt fia számára, akit keresztre tett felül, így a szamaritánusok, akik ott leborultak korábban Istenem, tedd meg egy sír előtt.
Az első felkelés 484-ben tört ki, amikor olyan híresztelés terjedt, hogy a keresztények arra készülnek, hogy eltávolítsák Aaron, Eleazar, Ithamar és Phinehas fiainak és unokáinak maradványait. A lázadók Sikemet / Neapolist támadták meg, felgyújtva öt, a szamaritánusok számára szent helyekre épített templomot, és levágva Terebinthus püspök ujjait, aki a pünkösdi tisztséget ünnepelte . Ezután Jusztát (vagy Jusztászát / Jusztaszuszt) választották főnöknek, és Caesarea-ban telepedtek le, ahol már egy nagy szamaritánus kolónia élt. Több keresztényt lemészároltak ott, és a Saint-Procopius templomot elpusztították. Szerint Jean Malalas , a dux Palesztina Asclépiades, segítségével a csapatok Caesarea legyőzte Justa volt megöletni, és elküldte a fejét, hogy Zeno. A császárai Procopius szerint Terebinthus Konstantinápolyban kapott menedéket, ahol fegyveres helyőrség létrehozását követelte a további támadások megakadályozása érdekében; a császár erre úgy reagált, hogy személyesen jött Samariába, hogy véget vessen a lázadásnak.
A kortárs történészek azonban úgy vélik, hogy a tények sorrendjét meg kell fordítani, és hogy Zénó üldöztetése a lázadás következménye, nem pedig oka volt, ezért annak, amit a források 484-ben történteknek tekintenek, inkább 489-ből kell származnia. Zenó ezután újjáépítette a Neapolis-templomot, majd a szamaritánusokat száműzték a Gerizim-hegyről, amelynek tetején megfigyelő tornyot emeltek, hogy megakadályozzák a jövőbeni felkeléseket.
A szamaritánusok fellázadt ismét 495 alatt uralkodása Anastasius I st (r 491 -. 518), és tudomásul Garizim hegy. A szamaritánus asszony által parancsolt tömeg megragadta a Sainte-Marie templomot, és lemészárolta volna a helyőrséget. A lázadást Edessa bizánci kormányzó, Procopius és a kivégzés vezetői elfojtották.
Julien ben Sahir néven is ismert, ez a karizmatikus vezető 529-ben vette fel a lázadás fáklyáját, független állam létrehozása céljából. Ez volt Samaria történelmének legerőszakosabb felkelése és az utolsó nagy lázadás. Szerint a Procopius, volt az oka tilalommal Justinianus I st - szamaritánus vallás (527565 r.); Schythopoliszi Cyril szerint azonban inkább a keresztények és a szamaritánusok közötti feszültség indította el az ellenségeskedést. Különben is, tudjuk, hogy Justinianus I st „gyűlölt eretnekek”, és hogy, hogy nem szívesen látja a vallási tekintély kétségbe.
Az 527-es vagy 529-es birodalmi rendelet után a szamaritánus zsinagógákat megsemmisítették, és maguknak a szamaritánusoknak is megtiltották, hogy hagyatékukat nem ortodoxoknak hagyják. Nagyszabású lázadások következtek Scythopolisban (ma Beit Shéan Izraelben) és a szamaritánus vidéken; a lázadóknak sikerült elfoglalniuk Neapolist a "királlyá" kinevezett ben Sabar vezetésével. Ez komoly keresztényellenes politikát vezetett be. A neapolisi püspök bizánci forrásokban Ammonas-t (vagy Sammon-t vagy Ammon-ot) hívta, valamint sok papot meggyilkoltak. A keresztényeket üldözték, templomaikat megsemmisítették, és vidéken gerillacsoportot szerveztek a keresztények elűzésére. Megtorlásul a dux Palaestinae a helyi kormányzók és a Ghassanid filarcha erőivel közösen küldte erőit, hogy vessen véget a lázadásnak; Ben Sahirt körülvették, miután kivonták erejét Neapolisból, és elfogták. Később lefejezték, és fejét, amelyet egy diadéma ölt föl, Justinianus császárhoz küldte.
531-re vége lett a lázadásnak. Becslések szerint 20–100 000 szamaritánust öltek meg vagy rabszolgává tették. A következő évben egy cselekményt fedeztek fel, hogy Szamáriát szövetkezzék a perzsákkal . Ezt követően a bizánci hatóságok betiltották a szamaritánus vallást. A császárai Procopius szerint a szamaritánusok többsége figyelmen kívül hagyta ezt a tilalmat, és "darabokra vágták", és Samaria "a világ legtermékenyebb földje senki nélkül maradt, aki megművelte".
Justinianusnak 556-ban újabb lázadással kellett szembenéznie. Ez 555 júliusában kezdődött Caesarea-ban, és szamaritánusokat és zsidókat hozott össze. Együtt megtámadták a keresztény egyházakat és megölték Palesztina Prima prokonsulját, Stephanust. Justinianus Amantius kormányzót küldte ellenük, akinek sikerült ellenőriznie a lázadást és véres elnyomásokat hajtott végre. Néhány vezetőt felakasztottak, másoknak megszakadt a jobb keze, végül mások elkobozták a vagyonukat.
A zsidók részvétele ellenére úgy tűnik, hogy ez a lázadás kisebb volt, mint a ben Sahiré, de átterjedt Betlehembe , ahol a Betlehem templomát felégették.
Az elégedetlenség azonban továbbra is izgatta a lakosságot, és II . Justin császár (r. 565–578) szigorúan elítélte „a samaritánusok által a Kármel-hegy lábánál elkövetett vétségeket a keresztény egyházak és a szent képek ellen”. Valószínűleg ezekre a támadásokra adott választ 572 májusában rendeletet, amely visszavonta Justinianus által végül biztosított jogok visszaállítását. A válasz azonnali volt, és ugyanezen év nyarán egy új lázadás egyesítette a zsidókat és a samaritánusokat a hatalom ellen, amely lázadás 573-ban vagy 578-ban folytatódott.
A csaknem egymillió lakosú szamaritánus közösség a kihalás közelébe került, miután vallásukat betiltották. A helyzet tovább romlott a Heraclius elleni zsidó lázadás kudarca és a zsidó lakosság 629-es mészárlása után.
Palesztina muszlim meghódítása után a szamaritánusoknak, mint más meghódított népeknek, vallásszabadságot biztosítottak; a korábbi lázadások és tömeges megtérések eredményeként azonban úgy tűnik, hogy számuk nem nőtt. Kortárs források szerint 30 000 és 80 000 között van a szamaritánusok száma, akik Caesarea-ban éltek a muszlim hódítás előtt, mintegy 100 000 zsidóhoz és más kisebbséghez viszonyítva, a tartomány teljes lakossága körülbelül 700 000 volt, többnyire keresztények. A muzulmán korszak kezdetétől a szamaritán diaszpóra a Damaszkuszban és Egyiptomban élő kis közösségek kivételével megszűnt a forrásokban megemlíteni , az utóbbi közösség valószínűleg a palesztinai tengerparti városokból érkező menekültek érkezésével nőtt. A muszlim invázió után.
Miután a Közel-Keletet arabok hódították meg 636-ban, a szamaritánusok hátrányos helyzetbe kerültek a keresztényekkel és a zsidókkal szemben, a hódítók nem voltak biztosak abban, hogy ezeket be kell-e vonni a „ könyv népei ” muszlim meghatározásába . A gazdasági, társadalmi vagy vallási okokból az iszlámra való áttérés következtében a közösség már tovább csökkent az olyan fanatikus kalifák üldöztetése alatt, mint Al-Mansur (754-775), Harun al-Rashid (786-809) et al-Mutawakkil (847) - 861), utóbbiak rendszeresen megpróbálták megszilárdítani hatalmukat azzal, hogy megtámadták ezt a kis közösséget, és időről időre felhívták annak megsemmisítését.