SYBR Zöld I

SYBR zöld
Azonosítás
Szinonimák	[2- [ N- (3-dimetil-amino-propil) -N- propil-amino] -4- [2,3- dihidro-3-metil- (benzo-1,3-tiazol-2-il) -metilidén] -1- fenil -kinolinium] + °
N o CAS	163795-75-3
Kémiai tulajdonságok
Brute formula	C 32 H 37 N 4 S   [-izomer]
Moláris tömeg	509,728 ± 0,034  g / mol C 75,4%, H 7,32%, N 10,99%, S 6,29%,
Fizikai tulajdonságok
T ° fúzió	Olvadáspont: 262  ° C
Öngyulladási hőmérséklet	nem gyúlékony (> −6  ° C )
Óvintézkedések
Belélegzés	Hivatalosan egyik sem
Bőr	Hivatalosan egyik sem
Szemek	Hivatalosan egyik sem
Hivatalos biológiai kockázat	nem veszélyes (US OSHA szabvány)
Hivatalos hulladékállapot	sem veszélyes, sem mérgező (amerikai szabvány)
Egység SI és STP hiányában.

A SYBR zöld I egy szerves vegyület aromás a kémiai képlet C 32 H 37 N 4 S része cianinok aszimmetrikus ( fluorofórok ). Képes nukleinsavakhoz kötődni és fluoreszcenciát kibocsátani . Ezért alkalmazzák a molekuláris biológiában fluoreszcens ágensként, különösen kvantitatív PCR-ek végrehajtása során .

Tulajdonságok

A SYBR green I egy olyan molekula, amely minden típusú kettős szálú nukleinsavhoz képes kötődni. Ez nem interkaláló szer: definíció szerint az interkaláló szer olyan molekula, amely beilleszthető a nukleinsav páros bázisai által alkotott lemezek közé  ; A SYBR green nem felel meg ennek a definíciónak, mivel a DNS kisebb hornyához kötődik . Miután rögzült, nagyon jó fluoroforrá válik. Így, a kettős-szálú DNS / SYBR zöld I összetett abszorbeáló kék fény (λ max = 497 nm), és a kibocsátott zöld fény (λ max = 520 nm). A szer szintén előnyösen kötődhet kettős szálú DNS-hez, de gyengébb teljesítményű, kissé eltérő gerjesztési és emissziós hullámhosszúságú egyszálú DNS-hez is kötődhet.

használat

Tekintettel ezekre a tulajdonságokra és alacsonyabb toxicitására, nagyon gyorsan alternatív módszerként szolgált az etídium-bromid (BET) vagy radioaktív címkézés céljából számos módszer esetében, beleértve a DNS és RNS kimutatását géleken, poliakrilamidból vagy agarózból , hagyományos, pulzáló vagy "érzékeny" mezőben, előre vagy utólag címkézve. Lehetővé teszi az oldatban lévő nukleinsavak mennyiségi meghatározását is, és mivel a polimeráz láncreakciót csak kevéssé befolyásolja , ez a fő nem-specifikus szekvencia marker, amelyet a valós idejű PCR-ben használnak . Nagyon nagy érzékenysége lehetővé teszi kapilláris elektroforézisben (akár 80 femtogramm kettős szálú DNS kimutatása), áramlási citometriában, DNS chipeknél, fluoreszcencia képalkotáshoz. Alkalmazzák enzimatikus aktivitások (DNázok, telomerázok) vagy kétszálú DNS-ek kedvezőtlen közegben (fluoreszcencia inhibitor jelenlétével) történő mennyiségi meghatározására is.

Történelmi

Az egyértelműség kedvéért a dátumok megegyeznek az első publikációval a szakterületen, és csak az első szerzőket idézik, a teljes hivatkozások az Irodalomjegyzék fejezetben találhatók.

• 1975  : Teszt feltalálása mutagének és rákkeltők kimutatására Ames BN által (átdolgozva egy 1983-as tanulmányban ).
• 1992  : Első publikáció az aszimmetrikus cianin család fluoreszcens DNS-markereiről, Rye HS.
• 1993  : Először említik a SYBR green I-t a Molecular Probes a Bioprobes n o  18-ban (online szám 23-ig, ellenőrizni kell).
• 1994  : A SYBR green I első jellemzési tanulmányai Jin X-től.
• 1994  : A DNS és az RNS első jelölése SYBR green I-vel poliakrilamid elektroforézis gélen, Singer VL.
• 1995  : Az RT-PCR termék első jelölése agaróz elektroforézis gélen, Schneeberger CS.
• 1995  : A rövid tandem ismétlések első felfedése poliakrilamid gélen, nem radioaktív módszerrel, Morin PA.
• 1995  : Jin X először kimutatta a nukleázokat gélben érzékeny SYBR green I-vel.
• 1995  : Első használat a kapilláris elektroforézisben, Skeidsvoll J.
• 1997  : A bejelentések US szabadalmi n o  5.658.751 aszimmetrikus cianinok Molecular Probes. A SYBR green úgy tűnt, hogy az alkatrész n o  937.
• 1997  : A sérült DNS első kimutatása pulzáló mező agaróz géleken Kiltie AE-vel.
• 1998  : A nukleázaktivitás első meghatározása radiális diffúzióban Yasuda T.
• 2000  : Vírusok detektálása áramlási citometriával SYBR green I-vel Brussaard CP-vel.
• 2001  : a kétszálú DNS mennyiségi meghatározása nyers kivonatokban környezeti mintákon, Bachoon DS-vel.
• 2004  : A SYBR green I emissziós spektrum szerkezetének és variabilitásának publikálása Zipper H-vel.

Toxicitási és biztonsági utasítások

A SYBR Green nulla mutagenitást mutat, de sokkal alacsonyabb, mint az etidium-bromid . A szokásos óvintézkedéseket ennek ellenére be kell tartani.

Megjegyzések és hivatkozások

1. számított molekulatömege a „  atomsúlya a Elements 2007  ” on www.chem.qmul.ac.uk .
2. Lásd: Toxicitás…
3. „  Refdoc  ” , www.refdoc.fr (elérhető : 2018. április 20. )

Bibliográfia

Francia bibliográfia

Angol bibliográfia

• Ames BN, McCann J, Yamasaki E, Módszerek rákkeltő anyagok és mutagének kimutatására Salmonella / emlős-mikroszóma mutagenitási teszttel . 1975, Mutation Research 31: 347–364.
• Bachoon DS, Otero E, Hodson RE, Humuszanyagok hatása a fluorometrikus DNS mennyiségi meghatározására és a DNS hibridizációjára . 2001. J. Microbiol. Methods, 47: 73–82.
• Brussaard CP, Marie D, Bratbak G, Virusok áramlási citometriás kimutatása . 2000. J. Virol. Methods, 85: 175–182
• Jin X, Yue S, Wells KS, Singer VL, SYBRTM Green I: új fluoreszcens festék, amely a gélekben lévő pikogramm DNS mennyiségének kimutatására optimalizált . 1994. Biophys. J. 66: A159.
• Jin X, Yue S, Singer VL, Nagyon érzékeny gélvizsgálatok nukleázok kimutatására . 1995. FASEB J. 9: A1400.
• A pulzáló mező agaróz gélek Kiltie AE, Ryan AJ, SYBR Green I festése érzékeny és olcsó módszer a DNS kettős szálú törések számszerűsítésére emlős sejtekben . 1997. Nucleic Acids Res. 25: 2945–2946.
• Maron DM, Ames B, Felülvizsgált módszerek a Salmonella mutagenitási tesztre , 1983, Mutation Research 113: 173–215.
• Morin PA, Smith DG, hipervariábilis egyszerű szekvencia ismétlések nonradioaktív detektálása rövid poliakrilamid gélekben . 1995. BioTechniques 19: 223–227.
• Az Ohta T, Tokishita S, Yamagata H, Ethidium bromide és SYBR Green I fokozza az UV-besugárzás és a kémiai mutagének genotoxicitását E. coliban . 2001, mutációs kutatás ,Május 31 ; 492 (1-2): 91-7.
• Rye HS, Yue S, Wemmer DE, Quesada MA, Haugland RP, Mathies RA, Glazer AN, Kétláncú DNS stabil fluoreszcens komplexei bisz-interkaláló aszimmetrikus cianin festékekkel: tulajdonságok és alkalmazások . 1992. Nucleic Acids Res. 20: 2803-2812.
• Schneeberger CS, Speiser P, Kury F, Zeillinger R, A reverz transzkriptáz - PCR-termékek kvantitatív kimutatása új és érzékeny DNS-festéssel, PCR-módszerek . 1995. Appl. 4: 234-238.
• Singer VL, Jin X, Ryan D, Yue S, SYBRTM Green festékek: ultrahangos foltok a DNS és az RNS detektálására elektroforetikus gélekben . 1994. Biomed. 19. termék: 68–72.
• Singer VL, Lawlor TE, Yue S, A SYBR Green I nukleinsav gélfesték mutagenitásának és az etidium-bromid mutagenitásának összehasonlítása a Salmonella / emlős mikroszóma reverz mutációs vizsgálatban (Ames-teszt) . 1999, Mutation Research 439: 37–47.
• Skeidsvoll J, Ueland PM, Kétszálú DNS elemzése kapilláris elektroforézissel, lézer által indukált fluoreszcencia detektálással, SYBR Green I festékmonomer felhasználásával . 1995. Anal. Biochem. 231: 359–365.
• Yasuda T, Takeshita H, Nakazato E, Nakajima O, Hosomi O, Nakashima Y, Kishi K, Aktivitásmérés az I és II dezoxiribonukleázokhoz pikogram érzékenységgel, DNS SYBR Green I fluoreszcencia alapján . 1998. Anal. Biochem. 255: 274–276.
• Zipper H, Brunner H, Bernhagen J, Vitzthum F, SYBR Green I DNS-interkalációjának és felületmegkötésének vizsgálata, szerkezetének meghatározása és módszertani következményei . 2004. Nukleinsavak Res.  ; 32, e103.

Kapcsolódó cikk

• SYBR biztonságos