Tandy Warnow

Tandy Warnow Kép az Infoboxban. Életrajz
Születés 1955. szeptember 28
Állampolgárság Amerikai
Kiképzés Kaliforniai Egyetem, Berkeley
Tevékenység Informatikus
Anya Joan Warnow-Blewett ( in )
Egyéb információk
Dolgozott valakinek Texasi Egyetem, Austin , Pennsylvania Egyetem
Terület Számítástechnika
Tagja valaminek Számítástechnikai Gépek Egyesülete
Felügyelő Eugene Lawler ( in )
Weboldal www.cs.utexas.edu/~tandy
Díjak Guggenheim-ösztöndíj (2010)
ACM munkatárs (2015)
ISCB munkatárs (2017)

Tandy Warnow amerikai informatikus, az Illinoisi Egyetem professzora , Urbana-Champaign . Ő ismert munkája a rekonstrukció filogenetikai fák , mind a bioinformatika és a nyelvek történetében , valamint a többszörös szekvencia illesztés módszerekkel .

Oktatás és karrier

Tandy Warnow a Berkeley-i Kaliforniai Egyetemen tanult , 1984-ben matematika alapdiplomát szerzett.1991. áprilismatematika doktori disszertációja ugyanabban az egyetemen. Ő folytatta találjon egy posztdoktori szerződés a Dél-Kaliforniai Egyetem származó 1991-ben a 1992- Michael Waterman és Simon Tavare és a Sandia National Laboratories Albuquerque 1992-től 1993-lány ekkor toborzott a professzor a University of Pennsylvania. , ahol az Austini Texasi Egyetemen 1999-es felvételéig maradt . 2014-ben csatlakozott az Illinois-i Egyetemhez, az Urbana-Champaign-hoz, mérnöki professzorként és a számítástechnikai tanszék igazgatóhelyetteseként.

Kutatás és karrier

1995-ben Tandy Warnow, Donald Ringe és Ann Taylor, a Pennsylvaniai Egyetem kutatása a tökéletes filogenitás számításai alapján átfogó elméletet adott az indoeurópai nyelvek korai felosztásának időzítésére . Számításaik alátámasztották az indo-hettita hipotézist, miszerint ezek közül az alcsoportok közül az első, amely elszakadt a többi indoeurópai nyelvtől , az anatóliai nyelveké volt . Eredményeik a görög-örmény hipotézist is alátámasztják, miszerint az örmény nyelv és a görög nyelv az indoeurópai alcsaládot alkotja. Integrálják a germán nyelveket az indoeurópai nyelvek korábban problémásnak tartott evolúciós fájába azzal a feltételezéssel, hogy a protogermán nyelv szorosan kapcsolódik a balto-szláv nyelvekhez, de később módosították az L nyugat-germán törzsekhez való migrációval, akik dőlt és kelta beszélőkkel érintkezve . Ezt a tökéletes filogenetikai megközelítést Tandy Warnow és munkatársai kibővítették, hogy lehetővé tegyék a nyelvek közötti észrevétlen kölcsönvételt, így a nyelvek evolúcióját nem fával, hanem hálózattal modellezik .

2006 és 2010 között Tandy Warnow vezette az Életfa építése - Nemzeti erőforrás a filoinformatikához és a számítási filogenetikához projektet , amelyet NSF több mint 2 millió dolláros támogatással támogatott . 2009-ben Tandy Warnow és munkatársai kiadták SATé szoftverüket a több szekvencia illesztés és a filogenetikai fák együttes becsléséhez. Szoftverük kevésbé támaszkodik szilárd matematikai elvekre, mint néhány korábbi együttes becslési módszer (mint például a BAli-Phy), de lényegesen gyorsabb, lehetővé téve a nagyon pontos fák gyors felépítését és az igazításokat több ezer készpénzért. Összehasonlításképpen, a korábbi módszerek lassúsága csak a fajok tucatjainak összehasonlítására korlátozta őket egyszerre.

2014 és 2018 között Tandy Warnow munkája három témára összpontosított: több szekvencia igazítási módszer felnagyítása nagyon nagy adatkészletekre, a filogenetikai fák becslése több gén felhasználásával (és a genetikai fák heterogenitásának feloldása a hiányos törzsválogatás miatt ) és a metagenomika. Legfőbb hozzájárulásai ezekben a témákban a PASTA módszer az igazítások és tengelyek együttes becsléséhez, amely javítja a SATé-t, és nagyon precíz igazításokat eredményez akár egymillió szekvenciával. Kidolgozta továbbá a filogenetikai fák becslésének ASTRAL módszerét, amely statisztikailag konzisztens módszer a fajfák felépítésére hiányos törzsválogatás jelenlétében.

Díjak és kitüntetések

Tandy Warnow-t 2014-ben nevezték ki az Illinois-i Egyetem Urbana-Champaign alapító professzorának, 2010-ben pedig a David Bruton Jr. Centennial Computer Science elnökének a Texasi Egyetemen, Austinban. John-Simon-Guggenheim Alapítványt is kapott. Fellowship 2011-ben, a Radcliffe Institute Fellowship 2003 a David és Lucile Packard Alapítvány ösztöndíj 1996-ban és az NSF Young Investigator Award 1994-ben 2015-ben megkapta nevezték egy tagja az Association for Computing Machinery (ACM) „neki hozzájárulás a matematikai elmélethez, algoritmusokhoz és szoftverekhez a nagyszabású molekuláris filogenetikában és a történeti nyelvészetben. 2017-ben a Nemzetközi Számítástechnikai Társaság (ISCB) tagjává választották .

Magánélet

Tandy Warnow Joan Warnow-Blewett levéltáros és Morton Warnow feltaláló, Raymond Scott zeneszerző unokaöccse . Ikertestvére Kimmen Sjolander, bioinformatikai kutató, a Kaliforniai Egyetem professzora. Nős George Chacko.

Hivatkozások

  1. (en-US) "  Tandy Warnow  " az Illinois Voices- on (hozzáférés: 2017. május 12. )
  2. (in) Tandy Warnow Jo, kombinatorikus algoritmusok felépítése filogenetikai fákat (matematika PhD), University of California, Berkeley,1991. április( online előadás )
  3. (en-USA) George Johnson , "  Új családfát építenek az indoeurópaiak számára  " , The New York Times ,1996. január 02( ISSN  0362-4331 , online olvasás , hozzáférés : 2020. április 25. )
  4. (in) Nakhleh, Ringe és Warnow, "  Perfect filogenetikai Networks: új módszertant rekonstruálására evolúciós története természetes nyelvek  " , véleményét , vol.  81 n o  2,2005, P.  382–420 ( DOI  10.1353 / 2005.200778 lan )
  5. (in) Liu, Raghavan Nelesen és Linder, "  A szekvenciaillesztések és a filogenetikai fák gyors és pontos nagyszabású koestimálása  " , Science , vol.  324, n °  5934,2009. június 18, P.  1561–1564 ( PMID  19541996 , DOI  10.1126 / science.1171243 , Bibcode  2009Sci ... 324.1561L )
  6. (in) Suchard és Redelings, Ben, "  Bali-Phy: egyidejű Bayes következtetést törzsfejlődés és az összehangolás  " , Bioinformatics , vol.  22, n o  16,2006, P.  2047–2048 ( PMID  16679334 , DOI  10.1093 / bioinformatics / btl175 )
  7. (in) Joe Kloc, "  Hogyan építsünk egy jobb életfát  " a magon ,1 st július 2009(megtekintés : 2020. április 25. )
  8. (in) "  Az evolúciós fák kiszámításának módszere forradalmasíthatja az evolúciós biológiát  " a ScienceDaily oldalon (hozzáférés: 2020. április 25. )
  9. (a) Mirarab Nguyen, Guo és Wang, "  tészták: Ultra-nagy többszörös szekvencia egymás alá a nukleotid- és aminosav-szekvenciák  " , Journal of Computational Biology , Vol.  22, n o  5,2014, P.  377–386 ( PMID  25549288 , PMCID  4424971 , DOI  10.1089 / cmb.2014.0156 )
  10. (in) Mirarab és Warnow, "  ASTRAL-II koaleszkáló alapú fafajok sokan becsülik a taxonok és gének százezreit  " , Bioinformatics , vol.  31, n o  12,2015, i44 - i52 ( PMID  26072508 , PMCID  4765870 , DOI  10.1093 / bioinformatics / btv234 )
  11. (in) "  Tandy Warnow folytatása  "
  12. (in) "  A digitális korban a technológiát előmozdító számítástechnikai innovációkért elnevezett ACM ösztöndíjasok  " [ archívum2015. december 9] , ACM,2015. december 8(megtekintés : 2015. december 9. )
  13. (in) "  2017. február 13 .: A Nemzetközi Számítástechnikai Társaság Társaságának hét tagja rendelkezik az ISCB ösztöndíjas osztályával 2017-ben  " , www.iscb.org (hozzáférés: 2017. február 13. )
  14. http://tandy.cs.illinois.edu/family.html

Külső linkek